组织空转数据（人类+小鼠）

最新推荐文章于 2025-04-30 17:12:37 发布
最新推荐文章于 2025-04-30 17:12:37 发布
阅读量930 收藏 10
点赞数 6
分类专栏： 生信推文-单细胞多组学 文章标签： 服务器 学习 笔记 学习方法 知识图谱
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_62528784/article/details/144518455
版权

空间转录组（Spatial Transcriptomics）是一种新兴的高通量基因组学技术，它允许我们在组织切片中同时获取基因表达信息和细胞的空间位置信息。其可以帮助我们更好地理解细胞在组织中的空间分布和相互作用，揭示组织发育、器官功能和疾病进程中的细胞异质性和空间异质性。此外，空间转录组还可以为精准医学、个体化治疗和药物研发提供重要的信息，帮助我们理解药物在组织内的作用机制以及治疗效果的影响因素。

可以看见：空转涉及的关键词是——》组织、细胞&空间异质性

可以说基本上和我做的没有太大关系，其实看了很多高分文章中的空转，分析涉及都是组织层面，cancer等居多，华而不实，真要做机制其实水平不会扩大到组织层面，所以本科的时候觉得单细胞多组学和空转有多炫有多fancy，现在真要做生物了其实作为生信研究人员还是要踏实下来，有个更好的生信落地背景

其实就是分析的内容太过于宏观了，而高分CNS文章一般都是稳扎稳打做基础机制细节的为多，宏观的内容分析一般都是堆数据的

参考：

https://mp.weixin.qq.com/s/2K2IpNhu0VbkfuAx7_lgzw

参考：

https://mp.weixin.qq.com/s/nS31d4A1kRUxgVs0ZKUIcg

https://mp.weixin.qq.com/s/Ac4ABAiUMnhhKwrFgbNvWQ

human：

组织分类研究方向DOIJournalIF分区年份
心发育DOI： 10.1038/s41587-023-01918-1Nat Biotechnol33.112023
肝
肝癌中肝星状细胞DOI： 10.1016/j.canlet.2024.217243Cancer Lett9.112024
肝癌相关成纤维细胞DOI： 10.7150/thno.99046Theranostics12.412024
肝再生DOI: 10.1016/j.stem.2024.01.013Cell Stem Cell19.812024
肺特发性肺纤维DOI： 10.1126/sciadv.adl5473Sci Adv11.712024
肾
肾上腺稳态DOI： 10.1002/ctm2.1798Clin Transl Med7.912024
DOI： 10.1016/j.cmet.2024.02.015Cell Metab27.712024
肾脏再生DOI： 10.1038/s41467-024-51186-zNat Commun14.712024
DOI： 10.1038/s41586-023-05769-3Nature50.512023
胃胃癌相关B细胞DOI： 10.1186/s12967-024-05606-9J Transl Med6.122024
脑
代谢异质性DOI： 10.1016/j.xcrm.2023.101057Cell Rep Med11.712023
阿尔兹海默病DOI： 10.1038/s41467-024-49133-zNat Commun14.712024
胸腺 DOI： 10.1038/s41467-024-51767-yNat Commun14.712024
胰腺发育DOI： 10.1016/j.cmet.2022.11.009Cell Metab27.712023
皮肤炎症性皮肤病DOI： 10.1038/s41467-022-35319-wNat Commun16.612022
膀胱间质性膀胱炎DOI： 10.1038/s41392-022-00962-8Signal Transduct Target Ther39.312022
代谢糖尿病足溃疡DOI： 10.1038/s41467-021-27801-8Nat Commun16.612022
肿瘤

胃癌DOI： 10.1053/j.gastro.2024.08.007Gastroenterology25.712024
胃癌DOI： 10.1016/j.ccell.2023.10.004Cancer Cell48.812023
宫颈癌DOI： 10.1002/advs.202203040Adv Sci15.112022
胶质母细胞瘤DOI： 10.1172/JCI147087J Clin Invest13.312023
肺腺癌DOI： 10.1038/s12276-022-00896-9Exp Mol Med12.722022
黑色素瘤DOI： 10.1016/j.xcrm.2024.101606Cell Rep Med11.712024
三阴性乳腺癌DOI： 10.1158/0008-5472.CAN-22-2682Cancer Res12.512023
胰腺癌DOI： 10.1186/s13073-024-01287-7Genome Med10.412024
直肠癌DOI： 10.1016/j.xcrm.2023.101231Cell Rep Med11.712023
乳腺癌DOI： 10.1186/s13045-022-01236-0J Hematol Oncol28.512022
小细胞肺癌DOI： 10.1002/advs.202402716Adv Sci14.312024
B细胞淋巴瘤DOI： 10.1038/s41467-024-46220-zNat Commun14.712024
结肠癌DOI： 10.1016/j.xcrm.2024.101589Cell Rep Med11.712024
骨肉瘤DOI： 10.1186/s13045-024-01598-7J Hematol Oncol29.512024
口腔鳞状细胞癌DOI： 10.1002/advs.202306515Adv Sci14.312024
前列腺癌DOI： 10.1038/s41467-023-36325-2Nat Commun14.712023
EGFR突变肺癌DOI： 10.1038/s41419-024-06940-yCell Death Dis8.112024
肝癌中成纤维细胞DOI： 10.1186/s13073-024-01367-8Genome Med10.412024
脊索瘤DOI：10.1093/neuonc/noad03Neuro Oncol16.412024
膀胱癌中肿瘤异质性DOI： 10.1002/ctm2.1338Clin Transl Med7.912023
结直肠癌中HLA-G+癌细胞和SPP1+ 巨噬细胞的细胞…DOI： 10.1016/j.celrep.2022.111929Cell Rep7.512023
其它结节病肉芽肿DOI： 10.1016/j.immuni.2023.01.014Immunity25.512023
脊髓DOI： 10.7554/eLife.92046Elife6.412024
胚胎发育DOI： 10.1038/s41587-023-01918-1Nat Biotechnol17.312023
肾上腺DOI： 10.1016/j.molmet.2024.101954Mol Metab7.022024
牙龈DOI： 10.1007/s11427-023-2467-1Sci China Life Sci8.022024
骨骼肌DOI： 10.1016/j.celrep.2022.111861Cell Rep8.812022
纹状体神经元DOI： 10.1038/s41467-024-50414-wNat Commun14.712024
前列腺增生DOI： 10.1186/s12967-024-05212-9J Transl Med6.122024
子宫内膜DOI： 10.1038/s41588-024-01873-wNat Genet31.712024
骨肉瘤淋巴结DOI： 10.1186/s12916-024-03319-wBMC Med7.012024

mouse：

组织分类研究方向DOIJournalIFJCR分区年份
肝
宿主-病原体相互作用DOI：10.1038/s41467-024-51418-2Nat Commun14.712024
肝脏巨噬细胞DOI： 10.1016/j.cell.2021.12.018Cell64.512022
肝癌相关IL34+成纤维细胞DOI： 10.1038/s41698-023-00483-9NPJ Precis Oncol6.812023
肝脏分区DOI： 10.1038/s41467-021-27354-wNat Commun17.612021
衰老DOI： 10.1038/s43587-023-00513-yNat Aging17.012023
缺血再灌注DOI： 10.1038/s42003-023-04564-0Commun Biol5.212023
肺
巨噬细胞与内皮细胞DOI： 10.1016/j.jhazmat.2023.132733J Hazard Mater12.212024
肺纤维化DOI： 10.1038/s41588-024-01819-2Nat Genet31.712024
肾
急性肾损伤DOI： 10.1681/ASN.2021081150J Am Soc Nephrol13.612022
肾损伤中的上皮细胞串扰DOI： 10.1172/jci.insight.147703JCI Insight9.512021
肾脏再生DOI： 10.1038/s41467-024-51186-zNat Commun14.712024
肠肠道损伤DOI： 10.1038/s41467-022-28497-0Nat Commun16.612022
脑
星形
胶质细胞		DOI：10.1038/s41467-024-45821-yNat Commun14.712024
阿尔兹海默病DOI： 10.1016/j.gendis.2024.101337Genes Dis6.922024
衰老DOI： 10.1111/acel.14109Aging Cell8.012024
海马体DOI： 10.1038/s41467-023-41715-7Nat Commun14.712023
帕金森病DOI： 10.3390/ijms24031810Int J Mol Sci4.922023
DOI： 10.1016/j.cels.2021.09.004Cell Syst9.212022
DOI： 10.1038/s41593-022-01011-xNat Neurosci24.912022
前额叶皮层DOI： 10.1038/s41593-023-01455-9Nat Neurosci21.212023
衰老DOI： 10.1016/j.cell.2022.12.010Cell45.512023
DOI： 10.1038/s41586-023-06818-7Nature50.512023
胰腺胰腺炎DOI： 10.1007/s00109-024-02460-6J Mol Med 4.832024
生殖
海绵体DOI： 10.1016/j.celrep.2024.114760Cell Rep7.512024
精子成熟DOI： 10.1016/j.celrep.2021.109915Cell Rep10.012021
杂髓核祖细胞DOI： 10.1002/advs.202303752Adv Sci14.312024
器官发生DOI： 10.1038/s41467-023-40155-7Nat Commun14.712023
骨折关节DOI： 10.1172/jci.insight.176802JCI Insight6.312024
骨髓DOI： 10.1038/s41413-023-00298-1Bone Res14.312023
脊髓发育DOI：10.1242/dev.173807Development5.622019
间充质干细胞DOI：10.1002/advs.202310282Adv Sci14.312024
中枢神经系统DOI： 10.1038/s41586-023-06569-5Nature50.512023
组织克隆异质性DOI： 10.1038/s41586-021-04217-4Nature69.512022
胚胎发育DOI：10.1126/science.abb9536Science63.812021
神经系统DOI：10.1016/j.cell.2018.06.021Cell36.212018
肌营养不良DOI： 10.1038/s41467-023-40555-9Nat Commun14.712023
运动皮层DOI： 10.1038/s41586-021-03705-xNature50.512021
视网膜DOI： 10.1038/s41467-023-40674-3Nat Commun14.712023
肿瘤
肝癌中巨噬细胞DOI： 10.1016/j.cell.2020.08.040Cell41.512020
肿瘤微环境DOI： 10.1038/s41588-022-01141-9Nat Genet30.712022
异质性DOI： 10.1186/s12943-024-02062-3Mol Cancer27.712024
骨肉瘤淋巴结DOI： 10.1186/s12916-024-03319-wBMC Med7.012024
乳腺癌相关纤维组织DOI： 10.1038/s41467-018-07582-3Nat Commun11.812018

顶多做脑、脑肿瘤相关，看是否能与相应分析结合起来，以及看相关的gene

NC：利用SpaceFlow分析组织中细胞的时空模式 | 空转工具推荐
wen05054105的博客
08-18 531
《Nature Communications》发表了一个灵活的深度学习框架：SpaceFlow，在分析空间转录组数据时结合时空信息。
2024年了, 都哪些组织有空转数据(人类篇)
weixin_47195452的博客
12-09 1025
的文章列在下表中(包含组织分类、研究方向、DOI、期刊名、当年影像因子、JCR分区、发表年份)，精力有限、整理了50篇，这次我们检索了空间转录组文章中包含人类数据的作品，我们尽量在。结直肠癌中HLA-G+癌细胞和SPP1+ 巨噬细胞的细胞..
如何筛选重要的空间Spot点！空转+GWAS，将空间信息映射到人类复杂性状及疾病（gsMap）
weixin_49214410的博客
03-05 818
为此，来自西湖大学的杨剑团队提出遗传学驱动的复杂性状空间细胞定位方法gsMap，通过整合高分辨率ST数据与GWAS汇总统计数据，实现性状相关细胞的空间解析定位。研究团队利用覆盖25个器官的胚胎ST数据集，通过模拟实验验证了gsMap的性能，并通过复现已知的性状相关细胞或区域证实了其敏感性。值得注意的是，杨剑团队同时也开发了SMR软件，所以这个工具还是有很大的学习价值的（尽管现在还处于预印本阶段）。
单细胞转录组 —— STARsolo 原始数据处理
dxs18459111694的博客
10-09 2017
前面我们已经介绍了几种原始数据处理工具，最后再介绍一种多平台兼容的快速定量工具 ——STARsolo。主要使用的还是STAR比对软件，只是增加了更多对单细胞数据的处理，不同平台数据的差异，也只是在参数设置上。
干货！如何利用scRNA数据对空间转录组进行注释
Igenebook的博客
09-09 2608
腭裂是人类最普遍的出生缺陷之一，不幸的是，腭裂的早期筛查仍然是一个挑战，即使是先进的技术，如三维产前超声，也无法提供可靠的唇裂和/或腭裂诊断。RCTD【4】(Robust cell-type decomposition)，是一种空间反卷积工具，整合了统计学模型，能够利用带注释的scRNA-seq数据来定义空间转录组学数据中空间位点的细胞类型组成，可选择不同模式预测位点内1-2种或多种细胞类型。成功整合单细胞和空间转录组数据的分析将有助于理解细胞类型分布的结构以及构成这种结构的细胞间通讯的假定机制。
国产空转工具推荐 | STRIDE：使用scRNA-seq对空间转录组进行精准的整合分析
wen05054105的博客
09-28 740
2022年3月，来自同济大学的科研团队在《Nucleic acids research》发表了一种基于主题模型的空间转录组学去卷积方法：STRIDE，通过机器学习方法及数据整合，将空间转录组学数据提升至单细胞精度。
Cell | Open-ST 高分辨率3D空间转录组学技术绘制亚细胞精度的组织图谱
组学之心，专注多组学/ 医学AI 领域
06-28 1765
Cell | Open-ST 高分辨率3D空间转录组学技术文献解读
空转工具推荐 | 10款空间转录组去卷积工具的综合比较
wen05054105的博客
07-21 1301
《Briefings in Bioinformatics》发表了综述文章，回顾了ST去卷积的最新方法，并综合评估了10种方法的性能。
spatialGLUE：空间多组学整合
白景屹的博客
08-28 1911
配对空间多组学整合
文献阅读：SpaceX：空间转录组学的基因共表达网络估计
🧑‍🎓 博士研究生在读 🔬 分享生物信息学、神经生物学方面的知识 💬 合作请在后台留言
06-19 1214
文献介绍 「文献题目」 SpaceX: gene co-expression network estimation for spatial transcriptomics 「研究团队」 Veerabhadran Baladandayuthapani（美国密歇根大学）、Xiang Zhou（美国密歇根大学） 「发表时间」 2022-09-30 「发表期刊」 Bioinformatics 「影响因子」 6.9 「DOI」 10.1093/bioinformatics/btac645 摘要 空间解析转录
rt-linux下的cgroup cpu的死锁bug
zhaoxin1989的博客
04-27 1181
rt-linux下的cgroup cpu的死锁bug，rt-linux，优先级继承，cgroup，死锁，cgroup period timer，ktimer，rt-linux下的hrtimer
vue3使其另一台服务器上的x.html，实现x.html调用中的函数，并向其传递数据。
bluejad的博客
04-28 229
【代码】vue3使其另一台服务器上的x.html，实现x.html调用中的函数，并向其传递数据。
Linux 服务管理两种方式service和systemctl
lza20001103的博客
04-29 1546
Linux 服务管理两种方式service和systemctl
5 个开源 MCP 服务器
盖瑞理的智汇说
04-29 540
MCP 代表模型上下文协议。这是像 Claude 这样的 AI 与自身之外的东西（例如网站或代码笔记本）进行交流的一种方式。没有它，你的 AI 就只能靠猜测。有了它，就像说：“嘿，兄弟，帮我把 GitHub 的内容抓过来”。
部署若依项目到服务器遇到的问题
weixin_52008157的博客
04-30 288
2、问题：部署jar包后运行jar包会出现远程连接报错ERROR 1130: Host xxx.xxx.xxx.xxx is not allowed to connect to this MySQL server。1、问题：docker一直出现“=＞ ERROR [internal] load metadata for docker.io/library/xxx“的问题。解决方法：国内很多镜像源不可用了，更换镜像源即可https://zhuanlan.zhihu.com/p/32004414428。
服务器主动发送响应？聊天模块如何实现？
zhakakqns的博客
04-29 798
当我们在某聊天界面中发送一个消息时，如A给B发送了一个消息，而B马上就收到，仔细思考会发现以下问题 ：1. A给服务器发送请求，但服务器却给B发送了响应2.B没有向服务器发送请求，却收到了响应很明显，单纯的使用HTTP协议很难做到这一点，因此需要使用另一种应用层协议——WebSocket。
在服务器中，搭建FusionCompute，实现集群管理
欢迎来到t.t.的博客！
04-28 963
在服务器中创建CNA和VRM，搭建Fusion Compute平台，实现集群管理功能
【RustDesk 】中继1：压力测试 Python 版 RustDesk 中继服务器
最新发布
突围
04-30 178
【RustDesk 】压力测试 Python 版 RustDesk 中继服务器
如何搭建和管理 FTP 服务器
2409_89014517的博客
04-26 1191
如何搭建和管理 FTP 服务器
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值