空间转录组 | 华大Stereo-seq在植物科学中的应用

Stereo-seq是空间组学技术研究中最有力的技术之一，基于DNB纳米球(DNB)技术构建。这种方法允许以前所未有的(纳米级)分辨率对组织切片进行高通量转录组分析，其面积可扩展至厘米级，具有高灵敏度和同质捕获率。通过整合高通量转录组学、蛋白质组学和组织学染色数据，可以同时进行组织样本的转录组学和图像分析。

相对于动物和医学领域，尽管空间组学在植物中的研究进展缓慢，最近一些在植物研究中的项目已成功应用于识别细胞类型，重建细胞命运谱系，并揭示细胞间的相互作用，这将大大推进我们对植物生物学关键方面的理解。本文将罗列几项以Stereo-seq技术为主的植物空间组学研究案例。

1. 单细胞Stereo-seq揭示了拟南芥叶中区域特异性细胞亚型和转录组谱

• 期    刊：Developmental Cell

• 影响因子：10.7

• 发表时间：2022年5月23日

• 发表单位：华大基因

• 原文链接：  https://doi.org/10.1016/j.devcel.2022.04.011

理解植物叶片的复杂功能需要对离散细胞特征进行彻底的表征。虽然单细胞基因表达谱技术已经发展起来，但其在细胞亚型表征中的应用尚未实现。此研究利用单细胞空间增强分辨率组学测序(scStereo-seq)，展现了真正的拟南芥叶片的单细胞空间转录组谱，并成功区分了上表皮细胞和下表皮细胞之间细微但显著的转录组差异。此外，从主叶脉到叶缘的细胞类型特异性基因存在表达梯度，从而发现了维管细胞和保护细胞不同的空间发育轨迹。研究结果展示了单个细胞的物理位置在植物中发挥复杂生物学功能的重要性，并证明了scStereo-seq是整合单细胞位置和转录组信息用于植物生物学研究的强大工具。

图1. 拟南芥茎叶中单细胞水平的空间分辨转录组

2. 花生组织的空间转录组分析揭示了peg的细胞异质性

• 期    刊：Plant Biotechnology Journal

• 影响因子：10.1

• 发表时间：2022年7月23日

• 发表单位：山东省农业科学院

• 原文链接： https://doi.org/10.1111/pbi.13884

花生具有一个独特的特征，即通过一个称为果针的特殊器官将其受精的胚珠嵌入土壤中，果针具有茎状的形态和解剖结构，但其行为像具有正向重力的根。此研究成功建立了该物种4种组织(根、茎和下胚轴)的空间增强分辨率组学测序(Stereo-seq )，鉴定了18种细胞簇，来自不同部位的同一组织可进一步分亚簇，亚簇的富集基因与它们的功能相符。顶针顶部拥有一类独特的细胞簇13，它们与糖苷和皂苷的合成有关，可能保护胚珠免受地下害虫的侵害。总之，该研究为Stereo-seq技术在非模式物种中建立部分单细胞水平的高分辨率空间转录组图谱提供了范例，研究成果为进一步研究花生等植物的生物学问题奠定坚实的转录组学策略。

图2. 花生组织的