转录组：STAR-Fusion融合基因

融合基因介绍

概念
在RNA水平上，由多个转录本构成的转录本。
在DNA水平上，由两个或多个基因共同组成的新基因。

NGS如何鉴定融合基因

1. spanning reads
   R1和R2没有覆盖到连接点，只是比对的位置位于两个不同的基因上。潜在的融合基因，解释性较弱。
   
2. split reads
   R1或R2的一条read位于连接点的两侧，有一条read直接覆盖到连接点上。解释性较强。
   
   本质
   染色体重排。
   研究意义
   异常基因融合可能引用恶性血液疾病以及肿瘤。探讨发病机制、biomaker的筛选。

STAR-Fusion

原理

1. 将reads通过STAR比对reference genome，筛选出split和dicordant reads作为候选融合基因。
2. 候选融合基因与reference genome比对，根据overlap预测出融合基因。
3. 过滤预测结果，去除假阳性结果。

运行步骤
STAR-Fusion可以这件用原始Fastq数据分析。
4. 下载genome resouce lib：https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTATRESOURCELIB/
5. 预处理genome resource lib：

FusionFilter/prep_genome_lib.pl
	--genome_fa ref_genome.fa
	--gtf ref_annot.gtf
	--fusion_annot_lib fusion_lib.dat.gz 融合基因注释信息
	--blast_pairs blast_pairs.outfmt6.gz
	--pfam_db PFAM.domtblout.dat.gz

6. 运行

STAR-Fusion
	--genome_lib_dir CTAT_resource_lib(建立的reference lib所在的目录)
	--left_fq read-1.fq
	--right_fq(单端时省略该参数) read_2.fq
	--output_dir star_fusion_outdir

输出结果
star-fusion.fusion_predictions.abridged.tsv，比较关心的是转录本融合的左右两个转录本的ID和融合为电动的坐标。JunctionRead和SpanningFrag个数越多，为一个真实的融合基因的可能性越大。spliceType表示断裂点breakpoint是否位于exon边界。

#FusionName           JunctionReadCount  SpanningFragCount  SpliceType           LeftGene                        LeftBreakpoint    RightGene                        RightBreakpoint   LargeAnchorSupport  FFPM        LeftBreakDinuc  LeftBreakEntropy  RightBreakDinuc  RightBreakEntropy  annots
THRA--AC090627.1      27                 93                 ONLY_REF_SPLICE      THRA^ENSG00000126351.8          chr17:38243106:+  AC090627.1^ENSG00000235300.3     chr17:46371709:+  YES_LDAS            23875.8456  GT              1.8892            AG               1.9656             ["CCLE","FA_CancerSupp","INTRACHROMOSOMAL[chr17:8.12Mb]"]