2024.06.03【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十章 多序列比对的基本概念与应用 第二部分）【AI测试版】

读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十章（第二部分）

标题：多序列比对的策略与方法

渐进比对方法

1. Feng和Doolittle的渐进比对：这是一种常用的多序列比对方法，它首先计算所有序列之间的两两比对分值，然后从最相似的一对序列开始，逐步加入其他序列。

比对过程详解

1. 阶段1：产生一系列的两两比对，通过Needleman和Wunsch算法进行原始相似性分值的计算。
2. 阶段2：基于相似度矩阵或距离矩阵产生辅助导向树，使用UPGMA或邻接法建立树结构，反映序列间的进化关系。
3. 阶段3：根据导向树的位置关系，逐步建立多重比对，遵循“一旦是空白，永远是空白”的规则。

隐马模型（HMM）

1. 定义：HMM是一个描述在每个位点氨基酸残基出现概率的概率模型，可以用于序列比对和数据库搜索。
2. 应用：HMM可以定义蛋白质或基因家族，并用于基于HMM的数据库搜索，如Pfam、SMART、TIGRFAMS。

多序列比对的实际应用

1. 构建系统发育树：多序列比对是构建系统发育树的关键步骤，有助于理解物种间的进化关系。