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RSS订阅原创 2020.9.17丨Chip-seq结果可视化之peak检测（下）
这一部分是使用deeptools对样品进行相关性分析以及主成分分析，同时从peak中去挖掘motif。我使用的工具是MEME-ChIP，MEME是一个工具系列，挖掘motif的工具比较丰富，MEME、DREME、TomTom、MEME-ChIP，其中MEME-ChIP可以同时调用其他几个工具进行综合分析，比较方便。 deeptools是一个很好用的深度分析工具，中文版使用手册可以让你快速上手（虽然翻译有些直，但竟然看得懂！）。在进行相关性分析和主成分分析之前，需要对样品数据进行一个综合统计，deeptoo
2020-09-17 16:19:56
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原创 2020.9.17丨Nanopore测序介绍
昨天晚上参加了贝纳基因的线上产品介绍会，主要介绍了Nanopore和公司两大特色产品，DirectRNA和isoform-全长cDNA，主讲人讲得比较快，PPT也不能拷贝，因此只能粗略搭了个框架，要想看更详细的Nanopore与PB的差异，可以看PB&ONT比较概览。 Nanopore测序介绍 发展历程 4个产品 MinION GridION PromethION 技术原理 DNA通过纳米孔形成电信号，五个碱基为一组信号，通过电流变化，对波形图进行校正，对已知序列进行
2020-09-17 14:33:22
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原创 2020.09.17丨PB&ONT比较概览
补充一下目前两个主流的三代测序产品PB和ONT PB&ONT比较概览 ONT 生产国：英国 设备种类：MinION GridION X5 PromethION-β PromethION-24 PromethION-48 便携、实时； 户内、户外 使用酶：解旋酶/马达蛋白 孔：纳米孔蛋白（Nanopore） 膜：多聚合物膜 外力：ATP-马达蛋白-纳米孔-ds DNA 信号：电信号-fast5 分析：fastQ PB 生产国：美国 设备种类：RSI.
2020-09-17 14:32:13
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原创 2020.09.15丨细菌&真菌基因组测序原理
细菌基因组测序原理 细菌定义： 属于原核生物，无核膜、DNA裸露，分真细菌和古细菌两大类的微生物。是在自然界分布最广、个体数量最多的有机体，是大自然物质循环的主要参与者。 细菌基因组特点： 基因组：一般在0.16- 13Mb，大部分在5M左右； 编码序列：占总长度的90%，基因平均大小为 1kb； 结构特点：多为一条环状闭合双链DNA，无内含子 细菌基因组产品类型、 产品列表Pacbio 准确率较高，成本高 ONT测序平台通量高，成本低（混样建库加Barcode：
2020-09-15 16:57:40
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原创 2020.9.15丨Chip-seq结果可视化之peak检测（上）
macs2运行参数 macs2 callpeak -t K1_ChIPed_S1_L007_R1.bam -c K1_Input_S5_L007_R1.bam -f BAM -g mm -n K1 -B -q 0.01 -t -c 实验组和对照组结果 -f 输入文件格式 -g 参考基因组有效大小，人类选择hs，也可以根据基因组大小直接输入数值 -n 输出前缀 -B 输出bdg格式文件，可以上传到UCSC生成峰图 -q q值，默认0.05 -p p值，未校正值 导入到R中
2020-09-15 09:55:48
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原创 2020.9.12丨变异检测的原理&应用方向
变异检测的原理&技术要点 定义：变异检测是指 通过测序 技术对某一物种个体或群体的基因组进行测序及差异分析，获得单核苷酸多态性SNP ）、插入缺失 InDel ）、结构变异（ SV ）、拷贝数变异CNV ）等大量的遗传变异信息用于开发分子标记建立遗传多态性数据库，为后续揭示进化关系、挖掘功能基因等奠定数据基础。 按照片段大小分类： 单碱基：SNP SNP （单核苷酸多态性）主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的 DNA 序列多态性，包括单个碱基的转换、颠换等。利用 GATK软
2020-09-12 11:44:38
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原创 2020.9.11丨生信基础巩固R篇（三）之图片可视化
3R Visualizationlibrary(readr) d.cancer <- read_csv("cancer.csv", col_types = cols(type = col_character()), locale = locale(encoding = "GB18030")) head(d.cancer,10)## # A tibble: 10 x 6## id age sex type v0 v1## <dbl&g.
2020-09-11 16:37:10
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转载 2020-09-11【转载】丨《 V I M 教 程 》1.5中文版
转载自vim 官方中文版手册 http://bbs.chinaunix.net/thread-2026233-1-1.html================================================================================ 欢 迎 阅 读 《 V I M教程 》 —— 版本 1.5 ============================================...
2020-09-11 15:07:36
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原创 2020.9.10丨Pacbio技术三代建库、测序原理
基本概念： 第三代基因测序技术又被为“Single Molecule Real Time (SMRT™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序技术），该方法基于纳米孔的单分子读取技术，不需要扩增即可快速读取序列。目前，Pacific Biosciences公司已经成功推出了商业化的第三代测序仪PacBio RS平台和PacBio Sequel平台 SMRT测序原理 步骤1：将磷酸化核苷酸引入零模波导孔（ZMW） 步骤2：核苷酸在检测体积中保持数十毫秒，当被光激发时发出荧光。 捕获
2020-09-10 16:18:26
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原创 2020.9.9丨细菌基因组学的技术原理、研究应用与热点
本次课程内容为欧易生物线上公开课内容，现讲主讲内容笔记进行一个梳理总结细菌全基因组简介 1.1细菌与科学研究 研究对象：病原菌、环境细菌、工业菌 研究方向： 细菌全基因组研究 定义：对细菌所有基因进行核苷酸测序，了解个体的基因结构基础，研究单个基因或多个基因的作用、功能以及他们间的相互作用 研究内容和相应分析： 结构基因组学 ：基因组序列的测定 功能基因组学：基因组的注释 比较基因组学：基因组功能研究 1.2细
2020-09-09 15:18:32
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原创 2020.9.9丨微生物多样性、宏基因组测序原理
微生物多样性测序原理及案例解析 研究对象 人类：口腔、皮肤、粪便、肠道... 动物：瘤胃、肠道… 植物：菌根、内生菌... 历代测序原理 一代测序 双脱氧链终止法 正常的DNA碱基是四种脱氧核糖核苷酸（dNTP），如果将这个碱基稍加改造，将一个-OH的氧去除，变成-CH2，就变成了一个双脱氧的核糖核苷酸（ddNTP）。在DNA合成的过程中加上这个ddNTP，由于ddNTP无法和下一个碱基链接，DNA链将无法继续延伸。 缺点：成本高、通量低
2020-09-09 11:41:42
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原创 2020.9.9丨遗传进化与GWAS研究
自然群体研究方法概览 研究材料、方法、方向 关系图 方法概览 遗传进化 进化\驯化历史 分化时间 地理起源 GWAS 基因定位 遗传进化分析 定义 通过系统发育分析揭示物种或种群间 的进化关系和发展历史。 研究目的 亲缘关系 动态分析（地理、分化、进化、历史） 表型性状 1.材料选择 选材来源 ①不同进化阶段：祖先种→野生种→驯化种→改良种 ②不同生境：不
2020-09-09 11:38:37
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原创 2020.9.7丨生信基础巩固R篇（二）之数据基本概念
2.1变量和常量 变量：用来保存输入或计算的值的东西 2.2R语言的变量命名 只有字母（区分大小写），数字，下划线，英文点号可以出现 数字和下划线不能开头 英文点号后面不能直接接数字 2.3数据类型 2.3.1数值 numeric 2.3.2字符 character 2.3.3逻辑 logical 只有两个值TRUE和FALSE，缺失时为NA 逻辑运算符:< <= == != > >= %in% x %in% y 把y当做...
2020-09-07 09:56:55
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原创 2020.9.4丨生信基础巩固R篇（一）之背景介绍与安装
8月月底参加了菲沙基因的生信线上课程，直播听了一节，讲得有些啰嗦，听不下去，自己又有一些基础，于是凭课件自学。第一章为R背景及基础介绍，没有做过多改动，有兴趣学习的同学可以参加他们的线上课程。 1.1R语言背景 R语言是诞生于1976年左右的S语言的一个分支。而S语言是由A&T贝尔实验室的John Chambers于1976年开发的一种用来进行数据探索、统计分析、作图的解释型语言。S语言最开始的主要实现版本是S-Plus，他是一个商业软件。后来新西兰奥克兰大学的Robert Gentleman.
2020-09-04 12:01:56
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原创 2020.9.4丨三代测序的基本原理、组装方法和应用场景
三代测序的基本原理、组装方法和应用场景PB/Nanopore测序原理及优缺点介绍 PB：光信号，荧光基团结合碱基测序 Nanopore：电信号 优点 无GC偏好性 缺点 错误率较高 有效孔只有三分之一 三代测序组装方法 参考文献：Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data
2020-09-04 11:44:15
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原创 2020.9.2丨生信基础巩固Linux篇
基础篇 Linux优势 系统更加稳定，处理数据更方便 大多数服务器以Linux为内核 常用路径命令 pwd 查找当前路径 ls 查找当前路径下的文件 ls dirname 查看某指定文件夹下的文件 ls -l 查看文件/文件夹的具体信息 cd dirname 切换到某指定文件夹下 cd .. 返回上一级目录 cd ~ 返回登陆节点 echo 打印字符串到终端 文件及文件夹 touch file 创建空文件 cat fil
2020-09-02 11:31:35
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原创 2020.9.2丨遗传图谱产品类型
建库测序分析 重测序遗传图谱 分析流程 流程图 重测序图谱划bin原理 概念 把在所有个体中均没有发生 重组的SNP划分到一个区块中，然后以该区块作为一个标记进行图谱构建 分析，极大的简轻了分析的工作量。 划bin过程 Step1：根据SNP分型，确定每个样品染色体区段的亲本来源； Step2：当出现亲本来源改变，则改变发生的地方为重组断点，每条 染色体上断点之间为一个block； Step3：将所有样
2020-09-02 10:27:12
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原创 2020.9.2丨个体重测序、KASP分型产品介绍
二代个体重测序 1.1 个体重测序部分基本概念 个体重测序：对已知基因组序列的物种进行全基因组测序，将不同样品的测序reads与参考基因组进行比对 （不做组装），从而得到个体与参考基因组和个体之间的在基因组序列上变异。 文库插入片段：基因组DNA进行片段化处理后，会根据分析需求选择特定长度的DNA片段进行建库，构建到文库中的片 段即为插入片段，重测序文库默认350bp，还可构建270bp、500bp文库。 测序深度 测序深度：实际测序得到的碱基总量（bp）与基因组 大小的比值，测序带
2020-09-02 10:19:52
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原创 2020.9.2丨遗传图谱基础介绍
遗传图谱简介 遗传学三大定律 1、分离定律（1对染色体上1对基因或者标记） 控制同一性状的遗传因子成对存在，不相融合；在减数分裂形成配子时，成对的遗传因子发生分离， 分离后的遗传因子分别进入不同的配子中，随配子遗传给后代的现象。 2、自由组合定律（2对染色体上2对基因） 子一代产生配子时，在等位基因分离的同时，非同源染 色体上的2个或者多个基因表现为自由组合。 其实质是针对2对染色体上基因，一对染色体上的等位基 因与另一对染色体上的等位基因的分离或组合是彼此间 互不干扰的，各自独立
2020-09-02 10:17:05
19775
固态硬盘选购一览表.xlsx
2020-08-28
7.17丨服务器性价比调研表.xlsx
2020-08-05
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