2020.9.2丨生信基础巩固Linux篇

• 基础篇
  • Linux优势
    • 系统更加稳定，处理数据更方便
    • 大多数服务器以Linux为内核
  • 常用路径命令
    • pwd 查找当前路径
    • ls 查找当前路径下的文件
    • ls dirname 查看某指定文件夹下的文件
    • ls -l 查看文件/文件夹的具体信息
    • cd dirname 切换到某指定文件夹下
    • cd .. 返回上一级目录
    • cd ~ 返回登陆节点
    • echo 打印字符串到终端
  • 文件及文件夹
    • touch file 创建空文件
    • cat file 查看文件所有内容
    • less file 滚动查看文件
    • head file 查看文件前几行
    • tail file 查看文件后几行
    • vim/vi file 编辑文件
    • mkdir dir 创建文件夹
    • rm file 删除文件
    • rm -r dir 删除文件夹
  • 绝对路径和相对路径
    • 图示

      

      

  • 文件权限
    • ls -l 查看文件权限
    • chmod 更改文件权限
    • 图示

      

      
      chmod ugx + x 应更正为chmod ugo + x ;分别代表文件所有者（u,user）、同组用户（g，group）、其他用户（o，open）。
  • 文件操作
    • wc –l filename 查看文件行数
    • grep str filename 搜索文件特定行
    • cut -d –f 列操作
    • sed 文件操作，常用替换命令
    • sort 文件排序
      • 排序操作

        

    • awk 强大的文件处理工具*
      • 文本处理操作

        

  • 管道符和输出重定向
    • 管道符（”|”）：上一个命令的输出作为下一个命令的输入
    • 输出重定向（”>”）: 将标准输出导出到一个文件里，若文件存在，则覆盖
    • 输出重定向（”>>”）: 将标准输出导出到一个文件里，若文件存在，则追加
    • 1. echo ‘A,B’|cut -d ‘,’ -f1 > test1.txt
    • 2. echo 'C,D'|cut -d ',' -f1 > test2.txt
    • 2. paste test1.txt test2.txt > file_paste
    • 3. cat test1.txt test2.txt > file_cat
    • 4. cat file_paste >>file_cat
  • 变量
    • 变量赋值：A=ss
    • 打印变量：echo $A
    • 变量运算：echo $[4/2]；echo $[5%4]
    • 删除变量名：unset variable_name
    • 注意：
      • 1. 变量名和等号之间不能有空格。
      • 2. 命名只能使用英文字母，数字和下划线，首个字符不能以数字开头。
      • 3. 中间不能有空格，可以使用下划线（_）。
      • 4. 不能使用标点符号。
      • 5. 不能使用bash里的关键字
  • shell脚本编写
    • 循环
      • for循环
        • #!/bin/bash
        • for i in `seq 1 10`
        • do
        • echo $i
        • done
      • while循环
        • #!/bin/bash
        • while true
        • do
        • sleep 10
        • echo ‘wake up!’
        • done
    • if条件判断
      • if [ command ];then
        • 符合该条件执行的语句
      • elif [ command ];then
        • 符合该条件执行的语句
      • else
        • 符合该条件执行的语句
      • fi
    • 字符串判断
      • [ -z STRING ] 如果STRING的长度为零则为真 ，即判断是否为空，空即是真；
      • [ -n STRING ] 如果STRING的长度非零则为真 ，即判断是否为非空，非空即是真；
      • [ STRING1 = STRING2 ] 如果两个字符串相同则为真 ；
      • [ STRING1 != STRING2 ] 如果字符串不相同则为真 ；
      • [ STRING1 ]　 如果字符串不为空则为真,与-n类似
      • if [ ‘a’ = ‘b’ ]; then echo “yes”;fi
    • 数值判断
      • INT1 -eq INT2 INT1和INT2两数相等为真 ,=
      • INT1 -ne INT2 INT1和INT2两数不等为真 ,<>
      • INT1 -gt INT2 INT1大于INT1为真 ,>
      • INT1 -ge INT2 INT1大于等于INT2为真,>=
      • INT1 -lt INT2 INT1小于INT2为真 ,<</div>
      • INT1 -le INT2 INT1小于等于INT2为真,<=
      • if [ 5 –gt 4 ]; then echo “yes”;fi
    • 脚本训练
      • 任务
        • 1.将100以内的数字偶数写入到text1中，奇数写入到text2中
        • 2.将text1与text2按列整合到text3
        • 3.对text3的结果按数字从大到小顺序排列
      • 脚本代码
        • #!bin/bash
        • for i in `seq 1 100`
        • do
        • even_number=$[$i % 2]
        • if [ $[i%2] == 0 ];
        • then
        • echo $i > text1.txt
        • else
        • echo $i > text2.txt
        • fi
        • done
        • paste text1.txt text2.txt >text3.txt
        • sort -k1nr text3.txt
• 下载与压缩篇
  • 下载命令
    • wget
    • curl
  • 打包与压缩
    • 打包文件
      • tar -cf output.tar test1 test2 test3
    • 打包并压缩为gzip格式
      • tar -czf output.tar test1 test2 test3
    • 解压缩
      • tar -xzf test.tar.gz
  • 解压命令
    • tar czf file.tar.gz file1 file2 file3... 表示将 file1,file2,file3 打包并压缩为 file.tar.gz
    • -c: 代表打包命令
    • -z：代表 gzip 压缩命令
    • -f：指目标压缩包文件（其必须放在最后面，否则会报错
    • tar -xzf file.tar.gz 表示将压缩包 “file.tar. 解压缩并解包
    • -x: 表示解包命令
    • -z: 代表 gzip 解压缩命令
• 环境变量
  • 为什么要添加环境变量？
    • 添加环境变量不是必须的，当一个软件频繁被使用，却又不想输入过长的路径时，添加环境变量是有用的
  • 如何添加环境变量
    • 1.临时添加，只有在本次打开的 shell 中生效
      • PATH=$PATH:YourPath
      • export PATH
    • 2.永久添加，永久生效
      • 1. vim bashrc
      • 2.此文件的末尾增添环境变量
      • 3. PATH=$PATH:YourPath
      • 4.保存并退出
      • 5. source bashrc