云平台 | 如何根据序列ID提取fasta序列

爱基百客云平台小工具使用

1.1  爱基百客云平台小工具之根据序列ID提取fasta里的序列

1.2  参数设置

1.3  结果

01

爱基百客云平台小工具使用

首先,打开爱基百客官网:http://www.igenebook.com;点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。

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弹出云平台界面(下图),输入账号、密码和验证码方可登录;进入云平台,可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化,实现真正的“零代码、无门槛、操作简单”!

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登陆后,如下图,我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了32款小工具供大家使用,包括基础绘图,高级绘图,差异检验,聚类分析,序列处理等子模块,本着用户至上的理念,平台小工具将会持续更新维护,积极接受用户的反馈和意见。

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1.1 

爱基百客云平台小工具之根据序列ID提取fasta里的序列

在生物学研究中,我们常常需要提取某些关注的基因或者蛋白的序列,用于进一步的实验研究和分析。通过提取特定的核酸或蛋白序列,我们可以使用这些序列可以用于序列比对、进化分析和基因家族等等分析。当原始的fasta序列文件较大或者要提取的序列较多时,手动查找效率很低,基于此,我们开发了根据序列ID提取fasta里序列的小工具,以方便客户。

爱基百客云平台fasta文件序列提取地址:http://124.71.149.47:5000/smalltools/detail?id=1752887987030552577。

下面我们进行实操练习。

首先点击小工具fasta文件序列提取

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右侧的工具介绍对fasta文件序列提取小工具的主要用途,使用方法以及结果解读做了详细的说明。左侧是必要的输入文件和参数选项。任务名称和任务编号系统会自动生成。后面可用于记录查看具体的任务。小工具提供了示例文件给用户做测试分析。同时,该页面还提供了一些常用参数调节选项。您也可进行自定义,后面将详细介绍。输出名自定义,默认Result。

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1.2 

参数设置

输入文件:序列ID支持txt(制表符分隔)文本文件,以及fasta序列文件。

序列ID如下表所示:

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fasta总文件:

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如果文件已经上传过,您可以直接点击选择按钮找到需要的文件勾选确定,无须再次上传。另外你可以根据自己的喜好选择不同的色系,输出名默认是result。

填写好上述所有的参数后,点击提交即可。

1.3 

结果

输出结果为提取的fasta序列。

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