OmicVerse·Bulk+scRNA-seq的综合转录组分析框架

OmicVerse 是一个集成的 Python 框架，旨在简化和增强批量 RNA 测序（Bulk RNA-seq）和单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）的分析。它通过整合多种分析工具，为用户提供一致且用户友好的界面，使得在一个编程环境中即可进行全面的转录组分析。

OmicVerse 为批量 RNA-seq 数据提供全面的分析平台 

OmicVerse 为单细胞 RNA-Seq 分析提供了一个多功能的多方面框架

OmicVerse 利用 MOFA 和 GLUE 集成多组学数据分析 

主要功能

1. Bulk RNA-seq 分析：

• 提供多样本集成、批量效应校正、差异基因表达分析、基因集富集分析、蛋白质相互作用网络构建、基因共表达模块识别以及 TCGA 数据库预处理等全面功能。

2. 单细胞 RNA-seq 分析：

• 支持多样本质量控制、批量效应去除与集成、自动化细胞类型注释（支持多个数据库）、迁移注释、细胞类型和基因集富集分析、发育轨迹重建、元细胞识别、细胞相互作用网络分析以及药物反应预测。

• 提供 scATAC-seq 集成和多组学分析功能，与 RNA-seq 密切关联。

3. Bulk RNA-seq 到 scRNA-seq 转换：

• 增强了 Bulk RNA-seq 的去卷积、细胞比例估计、scRNA-seq 数据插值以及恢复单细胞数据中的发育轨迹，成为从批量到单细胞 RNA-seq 转换的关键桥梁。

OmicVerse 独特地结合了变分自编码器和图神经网络，以 BulkTrajBlend 框架来解决单细胞数据中的“遗漏”问题，通过从 Bulk RNA-seq 中去卷单细胞数据，精确重构细胞发育轨迹。此外，OmicVerse 通过一个专门的分析对象来简化每个组学层次的分析，确保用户体验的直观性。

 参考文献：Nature Communications volume 15, Article number: 5983 (2024)

GitHub - Starlitnightly/omicverse: A python library for multi omics included bulk, single cell and spatial RNA-seq analysis.