宏基因组实战4. 基因注释Prokka

最新推荐文章于 2024-08-06 15:16:07 发布

刘永鑫Adam

最新推荐文章于 2024-08-06 15:16:07 发布

阅读量7.8k

点赞数 1

本文链接：https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/106552667

版权

前情提要

如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章

Prokka注释基因

Annotation with Prokka https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/prokka_tutorial.html

Prokka简介

细菌基因组、宏基因组的基因注释一直是一个非常复杂的问题，Prokka的出现改变了这一切。

Prokka: rapid prokaryotic genome annotation，快速的原核基因组注释。就是上面的神兽，猜猜是什么动物，但真不是皮卡丘。

Prokka是一个命令行软件工具，可以在一台典型台式机上在约10分钟内充分注释一个细菌基因组草图。它产生标准兼容的输出文件以进行进一步分析或者在基因组浏览器中查看。Prokka是用Perl实现的，在遵循开源GPLv2许可证下可以从 http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtml 免费获得。

此软件2014年发表于Bioinformatics，截止2017年11月2日Google学术统计引用1265次，最新版本1.12于2017年3月14日更新，大小360MB。因为它是一个复杂的分析流程，依赖关系众多。

安装程序

# 设置工作目录 wd，用户根据自己的实际情修改
wd=~/test/metagenome17
cd $wd
# 下载prokka
git clone https://github.com/tseemann/prokka.git
# 安装依赖关系
sudo apt-get -y install bioperl libdatetime-perl libxml-simple-perl libdigest-md5-perl
# 安装perl包XML
sudo bash
export PERL_MM_USE_DEFAULT=1
export PERL_EXTUTILS_AUTOINSTALL="--defaultdeps"
perl -MCPAN -e 'install "XML::Simple"'
exit

添加环境变量和设置数据库

# 添加环境变量
export PATH=$PATH:`pwd`/prokka/bin
# 自动搜索并添加数据库
prokka --setupdb
# 测序数据库
prokka --listdb

Prokka使用Uniprot-DB数据库，可使用–usegenus –genus Enterococcus指定额外的数据库

运行Prokka注释contig

# 建立工作目录
mkdir annotation
cd annotation
# 准备输入文件
ln -fs ../assembly/combined/final.contigs.fa ./
# 一句命令10分钟搞定之前别人半年的工作
prokka final.contigs.fa --outdir prokka_annotation --prefix metagG --metagenome --kingdom Bacteria

就是这么简单，一句命令10分钟搞定之前别人半年的工作。给你输出了你想要的，不想要的各种格式结果。

输出文件说明详见下面链接 https://github.com/tseemann/prokka/blob/master/README.md#output-files

下表我列出各种输出结果格式简介

查看结果

# 进入结果目录
cd prokka_annotation
# 结果总结
cat metagG.txt

organism: Genus species strain
contigs: 7904
bases: 13222363
CDS: 12199
tmRNA: 4
tRNA: 300
repeat_region: 7

上面我们看到结果统计的叠连群(contigs)数量，预测基因(CDS)数量等基本信息。下面看一下预测的基因序列。

预测基因展示：

# 查看序列的基因序列
less -S metagG.fsa

>k141_4 [gcode=11] [organism=Genus species] [strain=strain]
ATCGTTTCCCTGCAGACGTCCACCGAGACGAGGTCCGTGGCTTCCACCAGTGCCCCGAGG
GCTACGATGTTGGCCACCTTTTCGCTGCCAAGTTCAAGCGCCGTGGTATGACACGGCACC
GGCAGCACGATGATATCGGATCTGGGGTCGGGATAATCCAGCAGGTCGGAATTGTAAATC
AGCGCTCCGCCCGGTTTTATGATACCGATGAAT
>k141_6 [gcode=11] [organism=Genus species] [strain=strain]
ACAGAACAACCAGGTGGAAACGTATGGTAATTATTGACACGAACACCCACGCCTTGTATT
ATAAGCGTCGCCCCTTGAAACGGGCGGCGTTTTTCATGCACCTTGACAGAGTTATATAGG
CAGGAGAGTAAGCGGGAGAAGGTAAGAGCGATTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGA
CGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTCTG

结果众多，不再一一列举，下面用到自然会提到并介绍，用不到的我也不懂了，今天就到这里了。

Reference

教程原文 https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/prokka_tutorial.html
Prokka: rapid prokaryotic genome annotation https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24642063
Prokka中文摘要 http://www.chinapubmed.net/24642063
Prokka官网 http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtml
Seemann T. Prokka: rapid prokaryotic genome annotation. Bioinformatics. 2014 Jul 15;30(14):2068-9. PMID:24642063
官方帮助 https://github.com/tseemann/prokka/blob/master/README.md

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组宏基因组

专业技能：学术图表高分文章生信宝典不可或缺的人

一文读懂：宏基因组寄生虫益处进化树

必备技能：提问搜索 Endnote

文献阅读热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析：图表解读分析流程统计绘图

16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun

在线工具：16S预测培养基生信绘图

科研经验：云笔记云协作公众号

编程模板: Shell R Perl

生物科普: 肠道细菌人体上的生命生命大跃进细胞暗战人体奥秘

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外3000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。