2020.11.1【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 上）

最新推荐文章于 2024-04-02 19:38:28 发布
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  • ·学习目标
    • 定义分子数据库的类型
    • 定义索引编号和RefSeq标识符的意义
    • 描述主要的基因组浏览器和使用它们来研究基因组区域的特点；
    • 使用数据来研究单个基因（蛋白质）和大量基因、蛋白质的信息
  • 2.1 生物数据库入门介绍
    • 目前，公共数据库已经手机了百万亿（10^15）的DNA核苷酸数据，并很快回答到兆2级别>10^18碱基）的数量。这些数据来自超过三十万个物种。本章目的是介绍存储数据的数据库以及从数据库提取信息的方法。
  • 2.2 集中存储DNA序列的数据库
    • 国际核酸序列数据库（INSDC）
      • GenBank数据库
      • 欧洲分子生物学实验室-核苷酸序列存储数据库（EMBL-Bank）
      • 日本DNA数据库（DDBJ）
      • DNA序列在三大数据库之间共享
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2020.10.28【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第一章 引言）
10-28 1718
学习目标 定义生物信息学 解释生物信息学的范畴 解释为何球蛋白可以作为一个有用的例子阐释这一学科 描述何为基于网页和基于命令行的生物信息学手段 生物信息学定义 作者定义：使用计算机数据库和计算机算法来分析蛋白质、基因和组成生物体的所有DNA的完整集合（基因组）的学科。 美国国立卫生研究院（NIH）定义：研究、开发或应用计算工具和方法来拓宽对生物、医学、行为学或健康数据的使用，包括用于获取、储存、组织、分析和可视化这些数据的计算工具和方法 美国国家人类基因组研究所（NHGRI）定义：生物信
2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 下）
11-03 1326
2.7 基因组浏览器 三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI 基因组组装 定义： 所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。 内容： 对基因组的注释，如起止位点、外显子、DNA重复元件或其他基因组特征。 基因组参照联盟（GRC） 维护人类、小鼠和斑马鱼的参考基因组。 对基因组组装需要明确几点： 每个染色体的起止位置是什么 基因组序列中包括多少gap区域，能否被弥补？ 基因组上的结构变异位点如何
生物信息学数据库分类
最新发布
翡翠泪滴的博客
04-02 1312
为保证数据尽可能的完全，GeneBank与EMBL（欧洲EMBL-DNA数据库）、DDBJ（日本DNA数据库）共同构成国际核酸序列数据库合作联盟（INSDC），三大数据库的信息每日相互交换，更新汇总。数据库中四种结构分类层次分别是：蛋白质种类（class，C）、蛋白质二级结构的构架（architecture，A）、蛋白质的拓扑结构（topology，T）、蛋白质同源超家族（homologous superfamily，H）dbEST数据库：表达序列标签数据库，包含来源于不同物种的表达序列标签（EST）
https mysql数据库 lamp架构
rockstics的博客
12-02 422
https      https是指由SSL+HTTP协议构建的可进行加密传输、身份认证的网络协议   1.安装 yum install mod_ssl -y ；   yum install crypto-utils -y         genkey www.westos.com   生成证书及私钥  依据提示完成选择，并输入相应信息完成认证
HTGS
chuchun1854的博客
02-12 150
。。。。更新内容：+1.优化程序代码+2.完善更新功能。。。。 ----http://7xn497.com1.z0.glb.clouddn.com/HTGS4----- 版本号Ver 1.2.0320_ qiang0qiang 无效无效无效无效 ...
2020.11.2【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 中）
11-02 995
2.4 用于标记和鉴别序列的索引编号 DNA和蛋白质序列记录的重要特征是他们都被打上了索引编号作为标签。索引编号由一段4~12个数字和/或字母组成的编号，每个索引编号与一个分子序列记录相对于。 一个分子对应多个索引编号，这些索引编号可以代表全长/片段，代表核酸/蛋白质，需要尽快熟悉。 参考序列（RefSeq）项目 目的：为每一个基因的正常转录本和正常蛋白质产物提供最有代表性的序列。 对于一个给定的基因或基因产物，只会有一个RefSeq条目；如果基因有可变剪切或是在不同的基因座上，则会有几个Re
2020.11.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 Dayhoff模型）
11-23 2361
Dayhoff模型 第一步：可接受点突变（PAM） 概念：在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换 满足情况： 基因发生DNA变异，使得基因编码另一种不同氨基酸 整个种群都接受这种变化，改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式 可被接受的点突变：基于经验统计的保守性替换 使用系统发育分析，将它们与推断的共同祖先进行比对。 基于经验观察的氨基酸替换结果，描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。 第二步：氨基酸出现的频率
大规模生物动力学模型的可达性分析方法的新发展 - 来自www.sciencedirect.com
可在www.sciencedirect.com在线获取理论计算机科学电子笔记350（2020）139-158www.elsevier.com/locate/entcs可达性问题的静态分析与随机搜索Xinwei Chai，Tony Ribeiro，Morgan Magnin，Olivier Roux1，2...
全基因组重测序数据分析
热门推荐
悠悠的博客
02-07 4万+
全基因组重测序数据分析 转自：http://www.biodiscover.com/news/research/95875.html 1. 简介(Introduction) 通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变，结构变异-SNV，包括重排突变（deletioin, duplication 以及copy number variation）以
生信自学笔记（十二）：基因组序列与基因预测
羊城迷鹿的博客
09-07 1万+
基因组 在生物学中，一个生物体的基因组是指包含在该生物的DNA（部分病毒是RNA）中的全部遗传信息，或者说是一套染色体中完整的DNA序列。 对于单倍体细胞，基因组是指编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。 对于有性生殖个体，通常是指一套常染色体和两种性染色体的序列。 基因组包括核基因组、线粒体基因染色体中心li组和叶绿体基因组等。 一般而言，染色体中心粒附近重复序列多而编码序列少...
全球蛋白资源数据库UniProt
microbiology的专栏
03-15 1万+
    UniProt 是一个集中收录蛋白质资源并能与其它资源相 互联系的数据库 ， 也是目前为止收录蛋白质序列目录最广泛 、 功能注释最全面的一个数据库 。 UniProt 是由欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）、美国蛋白质信息资源（Prontein Information Resource）以及瑞士生物信息研究所（Swiss Instit
drep：微生物基因组快速去冗余-文章解读+帮助文档+实战
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
09-12 9724
在微生物分离培养、分箱中获得的大量的基因组、宏基因组拼接的基因组(MAG)，如何确定到底有多少种非冗余的细菌基因组呢?来自加州大学伯克利分校Jillian F Banfield组开发的d...
基因家族进化分析之DNA序列批量获取
白在宣的博客
03-07 2299
使用方法参考: 基于全基因组的基因家族分析（3）：SlNRAMP家族基因CDS和Genomic DNA序列获取 Gene序列要获得的ID号不仅仅是seqid，而且还需要在染色体上的位置信息——起始和终止位置，以及染色体编号。这里就需要用到其他两个数据文件了，就是基因组序列（dna）和基因组注释文件（gff3）。思路——首先根据已经获得的ID号从gff文件中获取染色体位置信息，然后再用bedtools工具根据得到的染色体位置信息来获取基因的序列，最终得到基因集。 代码如下。 #!/bin/bash c=
高通量测序技术的应用与挑战
hdpai2018的博客
06-09 1302
相比一代测序（Sanger 测序法），高通量测序具有测序快的优点，基本原理是将基因组断成一百多个碱基的短片段，对短片段进行测序，然后序列拼接，但高通量测序准确性较低，测序结果要通过矫正来提高测序准确度，随着三代测序技术的发展（三代测序的测序长度很长），一定程度上解决了重复序列的拼接问题1. 高通量测序在精准医学的应用： 包括疾病基因的筛查，大规模测病人和正常人的基因，通过基因比较，得出与疾病可能相关的基因，后续再诊断这一疾病，即可筛查病人是否有这些基因的突变。比如乳腺癌，现已有较成熟的基因筛查方法； 基于组
19个必须知道的转录组知识点
yu_bio的博客
08-29 1万+
1、什么是转录组测序？ 转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和ncRNA。 转录组具有时间特异性、组织特异性、空间特异性等特点。 2、无参转录组和有参转录组的区别？ 如果所研究的物种有组装注释质量较好基因组序列，...
不同物种的同一个基因的对应关系
biotrainee的博客
03-18 5636
我们都知道不同的物种在进化过程中其实共享很多基因的，尤其是哺乳动物，同一个基因虽然在不同的物种序列不完全一样，位于的染色体也不一样，发挥的功能可能也稍微有点区别，但是他们的相似性非常高！根据相似性就可以在不同的物种里面找到同一个基因。 比如在人类疾病研究领域非常出名的TP53基因，在人类参考基因组的17号染色体上面，但是在mouse里面不仅仅是改名了，叫做Trp53，而且位于11号染色体，在其...
根据基因或者蛋白的id提取序列---extract_seq.exe
weixin_43949246的博客
04-22 4031
在面对需要提取某一个基因的序列时，大家会通过什么样的方式
生物信息学之数据库
melody_beijing1989的专栏
08-25 2961
主要序列数据库【转载】 名称 地址 说明 DDBJ序列数据库 http://www.ddbj.nig.ac.jp 所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目 EMBL序列数据库 http://www.ebi.ac.uk/embl.html 所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目 GenBank序列数据库 http://w
Vue.js动态数据绑定详解与实现路径
本篇学习笔记主要探讨了Vue.js的动态数据绑定原理，作者通过自身经历，描述了从困惑到理解的过程。动态数据绑定是Vue的核心特性之一，它实现了数据与视图的自动同步，确保UI的变化基于数据的变化。 首先，理解动态...
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