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单细胞
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热爱医学,执着科研。公众号:生信方舟
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BayesPrism(贝叶斯棱镜法)可提取单细胞数据去卷积后将信息映射至bulkRNA数据
贝叶斯棱镜法作为一种工具可以根据scRNA数据(作为先验模型)去推断bulkRNA数据中肿瘤微环境组成(不同免疫细胞组分/不同细胞群)和基因表达情况。原创 2024-07-15 22:59:53 · 1063 阅读 · 0 评论 -
Scissor算法-从含有表型的bulkRNA数据中提取信息进而鉴别单细胞亚群
如何将大量的含有临床信息/表型的bulk RNA测序数据和单细胞数据构成联系,这也是算法开发者们所重点关注的方向原创 2024-07-09 19:18:11 · 1245 阅读 · 0 评论 -
单细胞差异基因火山图绘制
做完单细胞差异基因分析(FindMarkers/FindAllmarkers)之后,按照常规流程绘制出来的火山图看上去会很奇怪。原创 2024-06-27 15:26:40 · 407 阅读 · 0 评论 -
AUCell和AddModuleScore函数进行基因集评分
AUCell 和AddModuleScore 分析是两种主流的用于单细胞RNA测序数据的基因集活性分析的方法。原创 2024-06-22 16:43:38 · 801 阅读 · 0 评论 -
inferCNV:scRNA-seq数据推断染色体拷贝数变化
nferCNV用于探索肿瘤单细胞RNA-Seq 数据,以确定体细胞大规模染色体拷贝数改变的证据,例如整个染色体或大片段染色体的增益或缺失。这是通过与一组参考“正常”细胞(这里的正常细胞可自行定义)进行比较,探索肿瘤基因组各部位基因的表达强度来完成的。热图展示每个染色体的相对表达强度,并且与“正常”细胞相比,肿瘤基因组的哪些区域过表达或降低(异常)。原创 2024-06-12 16:41:09 · 1226 阅读 · 0 评论 -
DecoupleR/CollecTRI network-单细胞转录因子活性分析
DecoupleR/CollecTRI networ方便快捷的单细胞转录因子活性分析原创 2024-05-30 10:59:34 · 855 阅读 · 0 评论