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单细胞上游分析/cellranger流程学习(三)
Cellranger分析结果学习原创 2025-04-30 22:26:39 · 420 阅读 · 0 评论 -
单细胞上游分析/cellranger流程学习(二)
创建新文件夹# 移动文件到该文件夹中# 查看所有以fastq.gz结尾的文件,并统计数量。原创 2025-04-28 23:42:50 · 661 阅读 · 0 评论 -
单细胞实战之单细胞hdWGCNA分析——入门到进阶(高级篇3)
hdWGCNA通过加权基因共表达网络分析识别基因模块并挖掘潜在的生物学调控机制原创 2025-04-27 15:33:50 · 780 阅读 · 0 评论 -
单细胞实战之CytoTRACE2和monocle3——入门到进阶(高级篇2)
cellTRACE2+monocle3+ClusterGVis 轨迹分析小连招。原创 2025-04-20 00:25:25 · 1014 阅读 · 0 评论 -
单细胞实战之cellchat——入门到进阶(高级篇1)
单一样本和两样本CellChat细胞通讯分析原创 2025-04-13 16:33:08 · 798 阅读 · 0 评论 -
单细胞实战之Ro/e、Augur、miloR——入门到进阶(中级篇4)
三个重要的分析工具原创 2025-04-06 09:41:39 · 1166 阅读 · 0 评论 -
sc-DRS: 连接疾病GWAS与单细胞数据的分析方式
GWAS-scRNA-seq数据相结合原创 2025-04-05 10:11:15 · 752 阅读 · 0 评论 -
单细胞实战之inferCNV——入门到进阶(中级篇3)
inferCNV,回顾学习原创 2025-03-30 16:09:26 · 1265 阅读 · 0 评论 -
单细胞实战之亚细胞分群之CD4+T细胞分群——从入门到进阶(中级篇2)
根据1. 先验知识证据;2. 转录因子结果;3. 差异基因结果 进行细胞亚群注释原创 2025-03-23 22:54:34 · 672 阅读 · 0 评论 -
单细胞实战之亚细胞分群从T/NK至CD4+T细胞——从入门到进阶(中级篇1)
亚细胞分群从T/NK至CD4+T细胞原创 2025-02-22 19:31:13 · 1748 阅读 · 0 评论 -
单细胞实战之pseudobulks分析,GSVA富集分析——入门到进阶(初级篇3)
单细胞实战之pseudobulks分析,GSVA富集分析原创 2025-02-14 23:16:00 · 1369 阅读 · 0 评论 -
单细胞上游分析/cellranger流程学习(一)
单细胞上游分析流程学习原创 2025-02-12 20:24:31 · 1087 阅读 · 0 评论 -
如何选择单细胞测序分析中的主成分数量:策略学习
如何选择单细胞测序分析中的主成分数量原创 2025-02-11 11:48:48 · 867 阅读 · 0 评论 -
单细胞实战之细胞周期矫正,双胞体和RNA污染去除——入门到进阶(初级篇2)
单细胞细胞周期矫正的目的从宽泛的角度来说是因为它可以消除由于细胞周期阶段不同而导致的基因表达异质性。在单细胞数据中,不同细胞可能处于不同的细胞周期阶段(如G1、S、G2或M期),这些阶段会影响细胞的基因表达模式,尤其是那些与细胞周期密切相关的基因。如果不进行细胞周期矫正,这些周期性变化的基因可能会误导后续的数据分析,如聚类和差异表达分析,导致分析结果不能准确反映细胞的生物学状态和异质性。原创 2025-02-09 23:53:08 · 924 阅读 · 0 评论 -
单细胞实战之样本整理,细胞注释和部分图表绘制---从入门到进阶(初级篇1)
单细胞实战从入门到进阶起航原创 2025-02-08 23:53:44 · 1505 阅读 · 0 评论 -
医学单细胞及表观多组学技术应用线上公开课(武汉大学/菲沙基因)整理总结及学习(第三部分-细胞互作/stripe/ATAC)
医学单细胞及表观多组学技术应用线上公开课(武汉大学/菲沙基因)整理总结及学习(第三部分)原创 2024-12-17 21:28:41 · 346 阅读 · 0 评论 -
医学单细胞及表观多组学技术应用线上公开课(武汉大学/菲沙基因)整理总结及学习(第二部分-inferCNV/拟时序/RNA速率)
医学单细胞及表观多组学技术应用线上公开课(武汉大学/菲沙基因)整理总结及学习(第二部分)原创 2024-12-14 23:55:28 · 547 阅读 · 0 评论 -
医学单细胞及表观多组学技术应用线上公开课(武汉大学/菲沙基因)整理总结及学习(第一部分-Cellchat)
医学单细胞及表观多组学技术应用线上公开课整理总结及学习原创 2024-12-05 17:49:40 · 622 阅读 · 0 评论 -
生信技能树单细胞分析流程基础直播课(曾老师版本)细节学习
单细胞分析流程基础直播课细节学习原创 2024-12-01 19:00:54 · 815 阅读 · 0 评论 -
单细胞cluster/细胞亚群的标志识别工具—FindAllmarkers/presto/COSG/starTracer算法学习
随着细胞数量的增加,使用 FindAllMarkers进行标志基因分析的速度变得很慢,因此笔者就把几种常用的标志基因检测工具都用来试了试。原创 2024-11-07 09:24:29 · 786 阅读 · 0 评论 -
空间单细胞转录组cell2location分析流程学习
cell2location分析流程学习原创 2024-10-21 18:38:58 · 1818 阅读 · 0 评论 -
单细胞空间转录组RCTD去卷积分析学习和整理
RCTD 通过整合单细胞和空间转录组学数据,能够较为精确地为空间点(spots)分配细胞类型或细胞类型的混合,以便更好地理解空间组织结构中的基因表达情况。原创 2024-10-20 11:24:49 · 11250 阅读 · 0 评论 -
单细胞空间转录组分析流程学习python版(三)
空转python版学习原创 2024-10-19 14:49:29 · 1101 阅读 · 0 评论 -
单细胞空间转录组分析流程学习(二)
单细胞空间转录组分析流程学习(二)原创 2024-10-18 18:31:49 · 1251 阅读 · 0 评论 -
单细胞copyKat分析学习和整理
CopyKAT(肿瘤拷贝数核型分析)是一种使用综合贝叶斯方法的计算工具,能够在单细胞中以5MB分辨率检测全基因组非整倍体,以便从高通量单细胞RNA测序数据中区分肿瘤细胞与正常细胞,并识别肿瘤亚克隆。原创 2024-10-16 23:04:17 · 2669 阅读 · 0 评论 -
单细胞Ro/e分析学习和整理
Ro/e指数的目前的用法更像是增加分析的细粒度,通过统计学结果告诉大家组织内部不同细胞簇的实际情况和预测情况的差异原创 2024-10-14 10:01:38 · 3330 阅读 · 0 评论 -
单细胞METAFlux分析学习和整理
METAFlux是基于METAbolic Flux balance analysis (通量平衡分析的框架之上),以营养感知的方式表征整个代谢回路,并输出非退化性的通量,一共有13082个代谢物可以计算原创 2024-10-13 08:30:05 · 1025 阅读 · 0 评论 -
单细胞hdWGCNA分析学习和整理
hdWGCNA的分析逻辑是跟bulkRNA数据中的WGCNA基本一样,只是hdWGCNA中多了一步metacell过程,有助于减少无用的信息(单细胞数据有很多零值,会影响分析结果)。原创 2024-10-05 16:50:03 · 3809 阅读 · 0 评论 -
单细胞scDist细胞扰动差异分析学习
scDist通过分析不同状态下细胞的距离来找到差异最大的细胞亚群(见下图的A),然后再分析每一个细胞亚群的PCA通过线性的混合模型并结合最终的系数去预估不同干预方式下细胞群之间的距离原创 2024-10-04 22:06:07 · 968 阅读 · 0 评论 -
单细胞scMetabolism代谢相关通路分析学习和整理
scMetabolism一个单细胞水平的代谢相关通路分析工具。内置了KEGG_metabolism_nc和REACTOME_metabolism两个库的代谢通路信息。分析方法可选择VISION、AUCell、ssgsea和gsva这四种,默认是VISION。其他没有什么需要特殊介绍的。原创 2024-10-02 09:32:35 · 1474 阅读 · 0 评论 -
单细胞Augur细胞扰动差异分析学习和整理
细胞受到各种外部刺激之后导致状态/功能/形状等发生变化(暂时/永久),这种改变现象可以被笼统称为“扰动”。而我们作为生物医学领域的研究者,恰恰就是要研究这种“扰动”,以此探明生物学表象下的更深层次“逻辑”。原创 2024-09-30 14:08:09 · 1679 阅读 · 0 评论 -
单细胞miloR分析(基于 KNN 图的细胞差异丰度分析方法)
iloR先随机定义细胞中的细胞节点(数据点),然后通过K最近邻法(K-neareat neighbors)去识别所定义节点与周围的其他细胞数据点之间的邻近关系,找到跟这些节点最近的(比如欧几里得法)其他数据点(细胞)原创 2024-09-29 19:27:49 · 1652 阅读 · 0 评论 -
单细胞Seruat和h5ad数据格式互换(R与python)方法学习和整理
KS科研分享与服务:https://mp.weixin.qq.com/s/Wt9TU5Qk3yqPDlRlXr6BfQ。单细胞天地: https://mp.weixin.qq.com/s/qHBeQnYJdK0ATGlTOROPeA。生信菜鸟团: https://mp.weixin.qq.com/s/8fwJSc9Dnp8h_Suv76oXVA。这种方法得到的数据是SeruatV4版本的,所以如果要用于SeruatV5的话还需要再转化一下。:若对内容有疑惑或者有发现明确错误的朋友,请联系后台(欢迎交流)。原创 2024-09-27 22:36:56 · 4759 阅读 · 1 评论 -
单细胞SCENIC简单可视化分析学习和整理
SCENIC简单可视化分析学习和整理原创 2024-09-23 13:59:21 · 4949 阅读 · 0 评论 -
单细胞monocle3分析流程再整理
定义root cell, 推断拟时方向# 结合先验知识自定(示例数据)# 可视化示例数据,起点是随便点的。原创 2024-09-22 20:29:16 · 938 阅读 · 0 评论 -
单样本Cellchat(V2)细胞通讯分析学习和整理
细胞通讯分析是一种研究不同细胞类型之间如何通过信号分子(如配体和受体)进行相互交流和调控的分析方法。它在揭示细胞间相互作用的机制,理解组织和器官如何协调运作方面具有重要意义。原创 2024-09-21 00:18:02 · 7276 阅读 · 0 评论 -
单细胞BisqueRNA和BayesPrism去卷积分析工具简单比较
BisqueRNA使用单细胞 RNA-seq 数据作为参考,通过线性回归模型将bulk RNA-seq 数据去卷积为各个细胞类型的贡献。快速、直接使用单细胞数据作为参考,对各细胞类型的表达特征没有特别的假设原创 2024-09-20 08:06:36 · 1945 阅读 · 0 评论 -
CytoTRACE2可视化进阶(修改坐标维持umap图前后一致)
如何让CytoTRACE2分析完之后的umap图坐标前后一致呢?原创 2024-09-19 00:28:21 · 703 阅读 · 0 评论 -
CytoTRACE2单细胞分化潜力预测工具学习
CytoTRACE2可辅助判断单细胞拟时序分析的细胞起点原创 2024-09-18 08:50:37 · 1543 阅读 · 2 评论 -
单细胞CCA整合流程学习(SeuratV5/V4)
CCA 通过计算两个(或多个)数据集的线性组合,使这些组合之间的相关性最大化,从而找到不同数据集间的共同信号。原创 2024-09-17 14:05:12 · 2942 阅读 · 0 评论