超级简单的m6A修饰位点预测- SRAMP

m6A RNA甲基化作为一种重要的表观遗传调控机制，在RNA的加工、剪切、翻译和稳定性起作用，并参与多种生理和病理过程，对疾病的发生和发展具有重要影响，为开发新的治疗策略提供了新的思路。

对m6A修饰的研究最常见的技术手段是RNA免疫共沉淀结合高通量测序（MeRIP-seq）方法。然而，MeRIP-seq的分辨率有限，分析到的是具有RNA修饰的一段区域（100-200nt），这对于鉴定真正的甲基化修饰位点以及理解位点变异对改变m6A修饰水平从而调节下游生物学过程不利。

因此，我们需要对MeRIP-seq分析到的RNA修饰区段进行进一步的m6A修饰位点鉴定并定量位点修饰水平。或者，在没有测序之前，利用预测的m6A位点设计引物进行qPCR检测，以确定m6A水平在样本间具有差异。

今天，小编就给大家介绍一个预测目标区段是否具有m6A修饰位点以及位点具体位置的网站，为大家的MeRIP-qPCR或者SELECT实验保驾护航。

• 软件名称：SRAMP

• 软件网址：http://www.cuilab.cn/sramp/

• 友情提示：网站预测限哺乳动物哟！

   使用步骤  

一、进入SRAMP Prediction主页

注意序列一定要小于100000bp。如果过长，需要分开预测。

二、等待预测完成，序列短的时候速度是很快的。

三、结果查看和对应

（1）在线查看：文档最底部

Very high confidence：5倍交叉验证检验中99%的特异性

High confidence：5倍交叉验证检验中95%的特异性

Moderate confidence：5倍交叉验证检验中90%的特异性

Low confidence：5倍交叉验证检验中85%的特异性

尽可能优先选择 very high confidence，在VHC里选择高score位点。

（2）也可以点击蓝色字体【here】本地保存，在线的72h之后就自动删除哦（小声提醒：其实半天不更新这个页面好像就会卡住了，也不知道是不是作者自己网络不佳哈哈）

快捷键【ctrl+S】方便保存本地，这样可以自行使用将【very high confidence】的位点单独筛选出来

四、位点保存

本地序列尽可能利用Snapgene打开，这样方便自己进行pos定位和标注，同时注意软件也提供了预测位点两端的序列【Sequence context】，可以直接搜索定位。

这样就可以对修饰位点定位从而设计引物啦~

是不是很方便，快去试试吧~