1、首先我们安装pathview包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("pathview")
2、调用pathview包
library("pathview")
3、准备文件
rt=read.table("input.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
#查看前6行
head(rt)
最重要的要两列,一列是基因名,一列的logFC(也可以p值或者是FDR)
富集分析的结果文件
keggxls=read.table("KEGG.xls",sep="\t",header=T)
head(keggxls)
#这里总共是8个通路,我在这里写了一个循环,让他自动一个一个生成通路图,如下所示。
for(i in keggxls$ID){
pv.out <- pathview(gene.data = geneFC, pathway.id = i, species = "hsa", out.suffix = "pathview")}