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原创 【听课笔记】复旦大学遗传学_10肿瘤遗传学

十、肿瘤遗传学10.1 肿瘤概况10.2 肿瘤发生发展中的遗传学10.2.1 癌基因10.2.2 肿瘤抑制基因10.2.3 病毒感染与肿瘤发生10.2.4 表观遗传与肿瘤发生10.3 肿瘤治疗中的遗传学10.3.1 肿瘤常规治疗策略10.3.2 靶向治疗10.3.3 免疫治疗......

2022-08-12 17:05:50 2412 1

原创 【听课笔记】复旦大学遗传学_09基因与演化

九、基因与演化9.1 进化理论与群体遗传学9.1.1 物种的形成9.1.2 遗传与进化的关系9.2 基因频率与哈代-温伯格平衡9.3 突变、自然选择、迁移9.3.1 突变与群体基因频率的改变9.3.2 选择与群体基因频率的改变9.3.3 迁移与群体基因频率的改变9.4 遗传漂变9.4.1 奠基者效应9.4.2 瓶颈效应...

2022-08-10 23:37:00 3814

原创 【听课笔记】复旦大学遗传学_08遗传分析方法

八、遗传分析方法8.1 模式生物遗传分析策略与方法8.1.1 正向遗传学8.1.2 反向遗传学8.2 人类单基因性状的基因克隆8.2.1 功能克隆8.2.2 定位克隆8.3 人类复杂性状的易感基因筛选8.3.1 关联分析的原理8.3.2 关联分析的方法8.3.3 关联分析的应用...

2022-08-09 02:33:06 3241

原创 【听课笔记】复旦大学遗传学_07基因表达调控

七、基因表达调控7.1 基因表达调控概论7.1.1 原核细胞基因表达调控的策略7.1.2 真核细胞基因表达调控的层次7.2 转录起始前复合物与基因表达调控7.2.1 RNA 聚合酶7.2.2 DNA 调控序列7.2.3 转录因子7.2.4 其他调控蛋白7.3 转录中与转录后水平的基因表达调控7.3.1 RNA 出核前的加工7.3.2 RNA 出核后的调控7.3.3 蛋白质的降解7.4 DNA 重组与组蛋白修饰7.4.1 DNA 重组与基因表达调控7.4.2 表观遗传的研究内容.

2022-08-08 18:14:55 3543 1

原创 【听课笔记】复旦大学遗传学_06基因组

六、基因组6.1 基因组概论6.1.1 基因组概念、分类与性质6.1.2 基因组的结构与功能特点6.2 人类基因组计划6.3 人类(核)基因组的组成6.3.1 人类基因组概况6.3.2 人类基因组中的基因及基因相关序列6.3.3 人类基因组中的非编码 RNA6.3.4 人类基因组中的基因外 DNA6.4 基因组作图与测序方法6.4.1 基因组作图方法6.4.2 基因组测序策略.........

2022-08-02 02:30:53 3917

原创 【听课笔记】复旦大学遗传学_05染色体畸变

五、染色体畸变5.1 染色体分析方法5.1.1 核型5.1.2 染色体显带5.1.3 人细胞的核型分析5.2 染色体重复与缺失5.2.1 染色体结构变异5.2.2 染色体缺失5.2.3 染色体重复5.3 染色体倒位5.3.1 倒位5.3.2 倒位的细胞学和遗传学效应5.3.3 平衡致死系5.4 染色体易位5.4.1 易位5.4.2 易位的细胞学与遗传学效应5.4.3 其他染色体结构变异5.5 染色体的数目变异——单倍体与多倍体5.5.1 染色体数目变异5.5.2 单倍体

2022-07-31 22:57:42 4254

原创 【听课笔记】复旦大学遗传学_04连锁与交换

四、连锁与交换4.1 连锁交换4.1.1 连锁与交换的概念4.1.2 连锁现象的发现4.1.3 三点测交4.2 真菌的连锁分析4.2.1 四分子分析4.2.2 着丝粒作图4.2.3 两个基因的连锁作图4.3 遗传标记与遗传图谱4.3.1 遗传标记4.3.2 基因定位...

2022-07-30 15:22:37 13424 4

原创 【听课笔记】复旦大学遗传学_03基因与基因突变

三、基因1. 基因的概念1.1 三位一体的基因概念1.2 三位一体的基因概念的修正2. 基因的基本属性2.1 基因是可调控的2.2 基因是可割裂的2.3 基因是可移动的3. 基因突变4. 基因分型

2022-07-28 16:25:09 8377 1

原创 【听课笔记】复旦大学遗传学_02非孟德尔遗传+数量性状遗传

二、非孟德尔遗传1. 两种非孟德尔遗传1.1 核外遗传1.2 核质互作2. 数量性状遗传2.1 数量性状及其特征2.2 数量性状的统计分析方法2.3 数量性状的遗传特点2.4 遗传率的估算2.5 近交与近交系数

2022-07-23 15:00:22 6109 1

原创 【听课笔记】复旦大学遗传学_01孟德尔遗传

4. 等位基因间的相互作用4.1 完全显性4.2 不完全显性4.3 共显性4.4 镶嵌显性4.5 致死等位基因4.6 多效性基因5. 非等位基因间的相互作用5.1 互补基因5.2 上位效应5.3 修饰基因6. 复等位基因6.1 复等位基因概述6.2 ABO 血型决定基因6.3 ABO 血型决定基因的互作基因7. 表现度和外显率7.1 表现度7.2 外显率7.3 可变表现度和不完全外显的产生机制......

2022-07-20 16:20:16 4136 3

原创 【实验技术笔记】细胞表型检测之细胞粘附(细胞粘附实验) + 细胞侵袭(transwell实验)

细胞表型检测之细胞粘附(细胞粘附实验) + 细胞侵袭(transwell实验)

2022-06-25 17:24:37 25808 2

原创 【实验技术笔记】细胞表型检测之细胞迁移(细胞划痕实验 + transwell实验)

细胞表型检测之细胞迁移(细胞划痕实验 + transwell实验)

2022-06-25 14:16:29 22702

原创 【实验技术笔记】细胞表型检测之细胞凋亡(Hoechst染色 + PI染色 + TUNEL 染色 + Annexin V-PI 双染)

细胞表型检测之细胞凋亡(Hoechst染色 + PI染色 + TUNEL 染色 + Annexin V-PI 双染)

2022-06-24 14:02:33 30003 4

原创 【实验技术笔记】细胞表型检测之细胞周期(PI 染色)

细胞表型检测之细胞周期(PI 染色)

2022-06-23 15:13:17 13598

原创 【实验技术笔记】细胞表型检测之细胞增殖(CCK-8法 + BrdU掺入法 + 平板克隆)

1. 细胞增殖的定义2. 检测细胞数量:CCK-8 法3. 检测细胞增殖:BrdU 掺入法4. 检测细胞增殖:平板克隆

2022-06-22 23:23:23 25812 4

原创 【实验技术笔记】miRNA靶序列寻找及miRNA检测

1. microRNA 的基本知识2. miRNA 的基本操作2.1 miRNA 靶序列寻找2.2.1 TargetScan2.1.2 miRBase2.2 miRNA qPCR 检测2.2.1 引物设计2.2.2 反转录

2022-06-21 14:00:56 10820

原创 【实验技术笔记】基因沉默:siRNA/shRNA

1. siRNA/shRNA 的 RNAi 操作流程2. siRNA 设计2.1 设计途径2.2 预设计的 siRNA 库2.3 使用在线软件设计 siRNA3. 构建 shRNA 重组载体

2022-06-21 13:42:34 22999 1

原创 【实验技术笔记】融合基因 + 长片段基因 + 突变基因 表达载体构建

1、融合基因表达1.1 pCDH 和 pEGFP-C1、 pEGFP-N1 载体对比1.2 构建融合基因表达载体2. 构建长片段基因表达载体2.1 PCR 引物设计2.2 PCR(2 轮)3. 构建突变基因表达载体3.1 PCR 引物设计3.2 PCR

2022-06-20 20:20:46 9314 2

原创 【影像组学】从特征筛选到分类建模全流程实践及作图

1. 数据准备2. 特征权重图3. 特征相关性热度图 heatmap4. LASSO 模型中 Lambda 选值图5. 特征系数随 Lambda 变化曲线6. 随机森林分类器7. ROC 曲线8. 精确度(Precision),敏感度(Sensitivity),特异度(Specificity)等输出......

2022-06-19 20:40:43 7869 8

原创 【影像组学】分类器模型设计- 随机森林 + 支持向量机

分类器模型设计- 随机森林 + 支持向量机

2022-06-19 19:10:09 3660

原创 【实验技术笔记】利用重组载体做基因过表达(pCDH载体)

1. 构建基因过表达载体1.1 设计 PCR 引物1.2 PCR 扩增目的基因1.3 酶切载体和 PCR 产物1.4 电泳并回收酶切产物1.5 连接1.6 转化1.7 挑选阳性克隆并鉴定2. 转染3. 检测过表达效果附表:常用酶切位点保护碱基............

2022-06-19 16:27:38 22438 4

原创 【影像组学】windows系统安装pyradiomics包的问题

pyradiomics 包的 官方文档 提示,只适用于 python 3.5, 3.6 or 3.7(windows系统),因此需要先确认安装的python版本。cmd 中输入 python 即可查看。python 版本降级方法一:打开 Anaconda Navigatior 按下图设置。python 版本降级方法二:在anaconda prompt中输入 conda create -n downgrade python=3.7 anaconda安装 pyradiomics 包:cmd 中输入..

2022-06-17 00:35:13 1632 2

原创 【影像组学】影像组学特征筛选和降维(T检验+LASSO+PCA)

导入数据t 检验特征筛选t 检验后数据处理LASSO 特征筛选4. 特征降维:主成分分析法 (PCA)主成分分析,PCA = Principle component analysis矩阵乘法◆ 一个 m 行 n 列的矩阵,与一个 n 行 r 列的矩阵相乘(前面的矩阵列数必须与后面的矩阵行数相等,否则不能相乘),将得到一个 m 行 r 列的矩阵: Dm×n × Tn×r = Pm×r◆ 在影像组学中, 对应病例数, 对应原始提取出的特征数,主成分分析法就是 以一个合

2022-06-16 15:34:11 11069 5

原创 【实验技术笔记】RNA 抽提 + 反转录PCR + PCR引物设计 + RT-qPCR

分子生物学实验技术笔记 PCR引物设计 + RNA 抽提 + 反转录PCR + RT-qPCR

2022-06-15 22:41:57 27123 3

原创 【实验技术笔记】Western Blotting 实验操作要点及数据分析

Western Blotting 实验操作要点及数据分析(Gel-Pro Analyzer)

2022-06-15 22:31:28 26780 6

原创 【影像组学】用3Dslicer或Python提取影像组学特征

用3Dslicer或Python提取影像组学特征

2022-06-15 13:31:14 13895 11

原创 【学习笔记】山东大学生物信息学-08 编程基础与网页制作

山东大学生物信息学,编程基础与网页制作

2022-06-14 02:16:28 437

原创 【学习笔记】山东大学生物信息学——Perl 语言基础入门+高级

生物信息学——Perl 语言基础入门+高级

2022-06-13 21:30:17 1969

原创 【影像组学】基于 atlas 感兴趣区提取 (3D slicer)

基于 atlas 感兴趣区提取 (3D slicer)

2022-06-13 14:53:37 1365 3

原创 【学习笔记】山东大学生物信息学-07 数据挖掘(WEKA)

7.1 数据库系统7.2 机器学习7.3 WEKA7.3.1 ARFF 文件的格式7.3.2 ARFF 属性类型与格式转换7.3.2 数据准备:Explorer 界面介绍7.3.3 数据预处理7.3.4 执行挖掘任务

2022-06-13 14:50:04 951

原创 【学习笔记】山东大学生物信息学-05 高通量测序技术介绍 + 06 统计基础与序列算法(原理)

05 高通量测序技术介绍 + 06 统计基础与序列算法

2022-06-12 01:27:57 773

原创 Python 入门的60个基础练习

Python 入门的60个基础练习

2022-06-11 20:51:44 43251 15

原创 qPCR常见问题及解决方案

qPCR常见问题及解决方案

2022-06-11 19:01:59 18536 1

原创 3款简单实用的在线PCR引物设计软件

1. NCBI 的 Primer-Blast;2. Primer3 Plus;3. PrimerBank

2022-06-11 16:48:22 8896 2

原创 Python 入门及实践

影像组学入门及实践 4 python入门及实践

2022-06-11 00:44:35 562

原创 【学习笔记】山东大学生物信息学-04 蛋白质结构预测与分析

蛋白质结构预测与分析

2022-06-09 16:55:25 3854

原创 【学习笔记】山东大学生物信息学-03 分子进化与系统发生

系统发生树

2022-06-08 15:54:17 695

原创 【学习笔记】山东大学生物信息学-02 序列比较

山东大学生物信息学-02 序列比较

2022-06-08 01:03:10 4368

原创 【学习笔记】山东大学生物信息学-01 生物数据库

01 生物数据库

2022-06-02 16:54:20 2433

原创 【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版-笔记-病毒的分子生物学

病毒的分子生物学

2022-06-01 21:22:45 1796

分子生物学 图像处理软件 ImageJ FIJI版(window 64位)

分子生物学 图像处理软件 ImageJ FIJI版(window 64位) 可以直接去官网下载,但官网有时下载很慢 此软件包是官网下载的FIJI版 https://imagej.net/software/fiji/downloads 运行需要安装 Java8,解压后直接运行.exe文件,免安装。

2022-06-21

分子生物学 序列比对 引物设计软件 DNAMAN 9 英文注册版

分子生物学 引物设计软件 DNAMAN 9 英文注册版 ************************************************** 1. 先点击Setup.exe安装原版,完成先不要运行DNAMAN; 2. 复制DNAMAN.exe 复制到安装目录下(默认目录为C:\Program Files (x86)\DNAMAN\),替换同名文件即可; 3. Enjoy!

2022-06-13

MRIcroGL 软件格式转换、勾画ROI

MRIcroGL 是一款免费、开源的轻量级软件; dicom格式转换为nifti, 直接将dcm文件夹拖至软件中;打开也可以使用同样的操作; 勾画ROI时可以使用不同颜色标记不同感兴趣区;保存时点击Draw-Save VOI-生成mask文件

2022-06-13

3D Slicer 5.0.2 安装包(用于影像组学特征提取等)

Slicer-5.0.2-win-amd64.exe 开源医学影像分析和可视化平台。 从功能层面,它提供非常丰富的交互和可视化界面,你可以用它导入医学影像,然后进行影像的分割、重建、配准、标记点选择、测量等等操作。它本身提供了非常多的模块,比如优秀的配准模块、齐全的交互分割和重建模块、图像的重采样、裁剪、滤波等各种操作。 如果自带的功能满足不了你的需求,还可以安装插件,如下图插件平台有上百个开源插件,支持各种高级处理;如果仍然找不到你需求的内容,那么你还可以自己写插件,满足自己的特定需求。

2022-06-13

空空如也

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