常用生信软件汇总

软件类型	软件名称
基因组组装相关软件	abyss、ALLpath、Canu、dbg2olc、ECTools、falcon、HGAP、IDBA、intemap、 Jabba、LoRDEC、MECAT、Proovread、 PBSuite、pilon、SOAPdenovo、Spades、trinity、velvet等
基因组分析相关	AUGUSTUS、Circos、CRT、DIAMOND、EVM、Exonerate、GeMoMa、genBlastA、GENSCAN、GLEAN 、GlimmerHMM、GMAP、infernal、islandpath_dimob、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan、 PASA、phispy、prodigal、prokka、RepeatMasker、TransDecoder、TransGeneScan、tRNAscan、tRNAscan-SE等
比较基因组软件	Orthmcl、Muscle、PAML、phyml、MCScanX、nucmer、HGT_Finder、Mugsy、picrust等
注释相关软件	blast2go、DIAMOND、InterProScan、kohgpi、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan等
比对软件	Blast、hmmer、blasr、bwa、daligner、Bowtie2、Blat、MECAT、genBlastA、bowtie2、GMAP、bwa 、tophat、hisat、bismark、ssearch36等
系统发育树软件	MEGA、Phyml、RAxML、Exabayes、Mrbayes、figtree、splitstree、Phylip等
分化时间分析	Paml、Beast2等
群体历史动态分析	psmc、msmc等
基因流分析	Treemix、ANGSD、G-PhoCS、Migrate-N等
高离散SNP筛选	BayeScan、LFMM、bayenv2等
选择清除分析	XP-CLR、XP-EHH、vcftools、PopGenome等
LD分析	Haploview、Plink等
ka/ks分析	Yn00、codeml等
分子方差分析	Arlequin、poppr等
全基因组关联分析	plink2、Haploview、Admixture、EIGENSOFT、tassel、emmax、Fast-LMM等
QTL定位软件	R/qtl、QTL Cartographer等
遗传图谱排图软件	MSTmap、Onemap等
共表达分析	WGCNA等
转录组组装	trinity2.4.0、cufflinks、stringtie等
基因表达定量	rsem、miRDeep2、stringtie、cufflinks等
基因表达差异分析	DESeq、EBSeq、edgeR、MOABS等
富集分析	topGO等
蛋白互作	blast等
靶基因预测	RNAhybrid、miranda、targetfinder、LncTar等
聚类去冗余	cd-hit、tgicl等
转录因子预测	iTAK等
circRNA预测	CIRI、find_circ、CIRCexplorer等
lncRNA预测	CPC、CNCI、CPAT等
SNP分析	star、GATK、Samtools等
CDS预测、SSR分析	transdecoder、MISA等
APA分析	TAPIS等
其它软件	fastx_toolkit、flash、HiC-Pro、LACHESIS、lefse、MCScanX、MEGA、mothur、python、qiime、 R、samtools、sortmerna、stamp、trimmomatic、uclust、usearch等