第四章 主窗口
4.1 主窗口组件
图4.1为在Windows 7上运行的VESTA主窗口。主窗口由以下七个部分组成:
图4.1:在Windows 10上运行的VESTA主窗口(原文就是这样的并非翻译问题,大概Win7和Win10上都长这样)
1、菜单栏:菜单栏上包括“文件File”、“编辑Edit”、“显示View”、“对象Objects”、“工具Utilities”和“帮助Help”菜单。在Windows和Linux中,菜单栏位于主窗口的顶部,在macOS中,菜单栏显示在屏幕的顶部。
2、横向工具栏:常用工具(见4.3节)。
3、纵向工具栏:其他常用工具(见4.4节)。
4、侧边栏:由三个选项卡组成。“工具Tools”选项卡包含垂直工具栏中GUI工具的选项(见第11章)。“样式Style”选项卡包含用于显示样式的GUI工具(见第五章)。“Objects对象”选项卡显示了每个相的相组成和对象列表(见第12.2章)。
5、状态栏:在文本行中显示简要信息的区域。
6、图形区:以三维形式显示不同对象的区域。
7、文本区:显示两类文本(见第4.5节)。“输出Output”选项卡中显示与用户操作相关的各种信息。在“注释Comment”选项卡中,可以输入当前显示的数据的注释。
4.2 菜单
4.2.1 File菜单
New Structure...:打开Edit Data对话框,输入新结构的晶体数据。
New Window...:打开一个新的主窗口。
Open...:使用文件选择对话框打开文档。
Save...:保存当前数据到VESTA格式的*.vesta文件中。如果当前数据是从*.vesta文件中导入,或已经以*.vesta格式保存过,将覆盖原文件。否则,将弹出文件选择对话框,提示输入新的文件名。
Save As...:保存当前数据到VESTA格式的*.vesta新文件中。将弹出文件选择对话框,提示输入新的文件名。
▪Export Data...:将当前数据导出到非VESTA格式的文件中。
▪Export Raster Image...:将图形图像导出为具有栅格(基于像素)格式的文件。
▪Export Vector Image...:将图形图像导出为矢量格式文件。
▪Save Output Text...:将文本数据作为文本文档保存到文本区。
▪Close:关闭当前页面。当没有数据显示时,此菜单实际上与“退出Exit”菜单相同。
▪Exit:退出VESTA。
4.2.2 Edit菜单
▪Undo:撤销上一次操作。
▪Redo:恢复被撤销的上一个操作。
▪Edit Data:
- Phase…:打开Edit Data对话框,选择Phase选项卡。
- Unit Cell…:打开Edit Data对话框,选择Unit Cell选项卡。
- Structure Parameters…:打开Edit Data对话框,选择Structure parameters选项卡。
- Volumetric Data…:打开Edit Data对话框,选择Volumetric data选项卡。
- Crystal Shape…:打开Edit Data对话框,选择Crystal shape选项卡。
▪Bonds...:打开Bonds对话框,创建或编辑与化学键相关的数据。
▪Vectors...:打开Vectors对话框。
▪Lattice Planes...:打开Lattice Planes对话框。
▪Preferences...:打开Preferences对话框。
4.2.3 View菜单
▪Antialiasing:在图形区域中启用或禁用抗锯齿处理。
▪Parallel:切换到平行表示法(远近平面大小一致)。
▪Perspective:切换到透视表示法(近大远小效果)。
▪Zoom In:放大对象。
▪Zoom Out:缩小对象。
▪Fit to Screen:缩放并调整对象中心,使其适合于图形区。
▪Overall Appearance...:打开Overall Appearance对话框。
▪Clear Text Are:清除文本区的所有文本。
4.2.4 Objects菜单
▪Structural Model:此菜单中的选项也可以在侧边栏中选择。
- Show Model:显示或隐藏结构模型。
- Show Dot Surface:显示或隐藏原子的外表面为点状表面。
- Ball-and-Stick:显示球棍模型。
- Space-filling:显示空间填充模型。- Polyhedral:显示多面体模型。
- Wireframe:显示线框模型。
- Stick:显示棒状模型。
▪Volumetric Data:此菜单中的选项也可以在侧边栏中选择。
- Show Isosurfaces:显示或隐藏等值面。
- Show Sections:显示或隐藏等值面区域。
- Surface Coloring:启用或禁用等值面表面着色。
- Smooth Shading:使用平滑着色模型显示等值面。
- Wireframe:使用线框模型显示等值面。
- Dot Surface:使用点状表面显示等值面。
▪Properties
- General...:打开Properties对话框,并选择General选项卡。
- Atoms...:打开Properties对话框,并选择Atoms选项卡。
- Bonds...:打开Properties对话框,并选择Bonds选项卡。
- Polyhedra...:打开Properties对话框,并选择Polyhedra选项卡。
- Isosurfaces...:打开Properties对话框,并选择Isosurfaces选项卡。
- Sections...:打开Properties对话框,并选择Sections选项卡。
▪Boundary...:打开Boundary对话框。
▪Orientation...:打开Orientation对话框。
4.2.5 Utilities菜单
▪Equivalent Positions...:打开Equivalent Positions对话框,列出等价位点。
▪Geometrical Parameters...:打开Geometrical Parameters对话框。
▪Standardization of Crystal Data...:标准化空间群设置和分数坐标。
▪Niggli-Reduced Cell:将当前单位晶胞转化为Niggli-约化晶胞。
▪Site Potentials and Madelung Energy...:通过外部程序MADEL,计算当前显示晶体的位势和Madelung能量。
▪Powder Diffraction Pattern...:利用RIETAN-FP模拟粉末衍射图谱,并使用外部绘图程序显示结果。
▪Structure Factors...:计算结构因子。
▪Fourier Synthesis...:从结构因子计算电子/原子核密度。
▪Model Electron Densities:从结构参数计算电子密度。
▪Model Nuclear Densities:从结构参数计算原子核密度。
▪Patterson Densities:
- From Model Electron Densities…:从模型电子密度计算并显示Patterson函数的密度分布。
- From Model Nuclear Densities…:从模型原子核密度计算并显示Patterson函数的密度分布。
- From Volumetric Data…:从当前显示的体数据计算并显示Patterson函数的密度分布。
▪2D Data Display...:打开2D Data Display窗口。
▪Line Profile...:计算两个位置之间的体数据的线轮廓,并将其输出到文本文件中。
▪Peak Search...:在体数据中寻峰。
▪Conversion of Electron Densities...:将三维电子密度转换为电子能量密度和拉普拉斯算符。
4.2.6 Help菜单
▪Manual...:在PDF查看器中打开VESTA用户手册。
▪Check for Updates...:使用浏览器打开VESTA网页,检查是否发布了VESTA的新版本。
▪About VESTA...:显示关于VESTA的信息。
4.3 横向工具栏的工具 4.3.1 排列以上六个按钮分别用于将对象平行于a、b或c轴或平行于a*、b*或c*轴对齐。
4.3.2 旋转
以上六个按钮用来绕x,y或z轴旋转对象。在第六个按钮旁边的文本框中可设置旋转的步长(单位:度):Step(deg):30.0
4.3.3 平移
以上四个按钮用来向上下左右平移对象。在第四个按钮旁边的文本框中可设置平移的步长(单位:像素):Step(px):10
4.3.4 缩放
放大缩小适应屏幕大大小以上三个按钮用来改变对象尺寸。在第三个按钮旁边的文本框中可设置缩放的步长(单位:%):Step(%):10
4.4 纵向工具栏的工具
4.5 文本区
4.5.1 Output选项卡
输出区域是一个标准的输出窗口,对应于Windows上的命令提示窗口和macOS或Linux上的终端窗口。在启动VESTA后,输出区域显示所使用PC的信息。OpenGL版本部分显示系统支持的OpenGL版本。显卡配置提供有关GPU的信息。例如,在配备Quadro FX4600的Windows PC机中,以下消息显示在文本区:
Video configuration: Quadro FX 4600/PCI/SSE2
SSE2表示此独立显卡支持Streaming SIMD Extensions 2。如配备ATI Radeon 9600XT的Power Mac G5 ( Dual 2.5 GHz ),则在文本区显示:
Video configuration: ATI Radeon 9600 XT OpenGL Engine
如PC的GPU不支持任何OpenGL的硬件加速,则在Windows系统中,Video configuration将显示为GDI Generic,在Linux系统中,显示为Software Rasterizer或Mesa GLX Indirect。
当加载新文件时,输出区域会出现数据概要,包括文件的绝对路径和数据的标题。对于晶体结构数据,输出晶格参数、单位晶胞体积和结构参数(元素名称、位点名称、分数坐标、占据率、各向同性原子位移参数、多重度和Wyckoff字母、位点对称性)。对于体数据,显示晶胞参数、沿各轴的网格数,以及切片和等值面上的多边形和唯一顶点数。例如对于PbSO4的CIF文件,将得到如下输出文本:
如在Edit Data对话框中按下OK按钮,也会输出上述文本列表。
4.5.2 Summary选项卡
Summary选项卡简要概括了数据,包括数据名称、空间群、单位晶胞参数、单位晶胞体积和体数据的网格数。示例输出如下:
4.5.3 Comment选项卡
可以输入与当前显示的数据相关的任何注释。VESTA还可从美国矿物学晶体结构数据库格式的文件( *.amc )中读取有关数据的一些信息。例如,以下信息从锐钛矿相TiO2的*.amc中读取,并显示在Comment区域。