在VASP中,常常计算Bader电荷来得到原子周围的电子数,从而近似得到原子的化合价。Bader电荷分析是理查德·贝德(RichardBader)开发的一种将分子分解为原子的直观方法。Bader电荷分析对原子的定义纯粹是基于电子电荷密度。Bader使用所谓的零磁通表面来划分原子。零通量表面是2D表面,其上电荷密度垂直于表面。
通常在分子系统中,电荷密度在原子之间达到最小值,这是将原子彼此分开的自然位置。除了作为分子中原子可视化的直观方案外,Bader的定义通常也可用于电荷分析。例如,Bader体积内的电荷与原子的总电子电荷很接近。电荷分布可用于确定相互作用的原子或分子的多极矩。Bader的分析也被用来定义原子的硬度,可以用来量化从原子中去除电荷的成本。
BADER CHARGE ANALYSIS下载地址为
http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/
根据自己的操作系统选择相应的格式的文件下载,我们使用的时Linux格式的软件。对于软件的安装问题,这里简单说一下:
对于二进制文件,解压后添加可执行权限即可运行使用:
tar zxvf bader_lnx_64.tar.gz
chmod +x bader
对于源码,需进行如下编译:
tar zxvf bader.tar.gz
cd bader
cp makefile.lnx_ifortmakefile
make
通过VASP进行Bader电荷分析主要包括以下步骤,首先需要对结构进行优化,然后基于优化的结构进行静态计算,最后通过“BADER CHARGE ANALYSIS”软件处理数据(下载链接附在文末),得到Bader电荷分析的结果。结构优化的输入文件就不作描述了,在进行静态计算时,需要在静态计算的INCAR文件中添加“LAECHG=.TRUE.”和“LCHARG = .TRUE.”参数,这样在静态计算结束后即可对计算结果进行处理,得到电荷分布。
计算结束后,我们会得到AECCAR0 AECCAR1 AECCAR2这三个文件,接下来通过“chgsumf.pl AECCAR0 AECCAR2”命令生成CHGCAR_sum 文件,然后使用命令“bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum”生成ACF.dat、BCF.dat、AVF.dat 三个文件,我们需要查看ACF.dat文件,ACF.dat文件包含了价电子的电荷信息。VOL一列的序号与POSCAR中的原子行数相对应,CHARGE一列即代表剩余电荷,然后根据需要分析的原子的价电子数总数减去剩余电荷,即可求出失去的电子数目,进而求出该原子对应的化合价。需要注意的是,Bader只支持PAW贋势,因此计算时一定要注意所选赝势。
ACF.dat文件