VASP实用教程：ASE

本文为由小强撰写的《VASP实用教程》第39篇，全系列约60篇，将在近期陆续更新。

今天给大家介绍一个基于python的程序库，名为Atomic Simulation Environment，简称ASE。ASE的优点明显，ASE 基于 Python 脚本语言，因此无需任何代码修改即可执行非常复杂的任务，是一个十分强大的工具。

首先我们来和大家分享一下安装方法。

• 安装ASE前必须安装的程序
• Python 3.6 或更高版本
• NumPy 1.11 或更高版本（基于N维阵列包）
• SciPy 0.18 或更新版本（用于科学计算库）
• 推荐安装的程序
• Matplotlib 2.0.0 或更新的版本
• tkinter或者ase.gui
• 选择安装的程序
• Ase.db Web界面的Flask
• pytest 3.6.1 或更新的运行测试版本
• pytest -xdist 1.22.1 或更新的并行运行测试版本
• 用于某些对称性相关要素的spglib
• 安装

使用pip安装

• pip install --upgrade --user ase    # 安装 ASE 的最简单方法是使用pip，它会自动从PyPI获取源代码
• pip install --upgrade --user ase[test]    # 运行测试

从源安装

Tar-file

• tar -xf ase-3.20.1.tar.gz
• ln -s ase-3.20.1 ase

# 最新稳定版本的ase，解压缩并建立软链接

Git clone

• git clone -b 3.20.1 https://gitlab.com/ase/ase.git  # 获取最新稳定版本
• git clone https://gitlab.com/ase/ase.git   # 开发版本

Pip

• pip install --upgrade git+https://gitlab.com/ase/ase.git@master  # 直接使用 pip 安装

环境变量

export PYTHONPATH=<path-to-ase-package>:$PYTHONPATH

export PATH=<path-to-ase-command-line-tools>:$PATH

测试

ase test &nbsp;# takes 1 min. # 需要确保已经正确设置环境变量

在终端输入ase –version，显示版本即可。

• 这里和大家分享两个官网提供的简单的例子

1.计算氮分子在铜表面的吸附能

2.水分子结构优化