干货|目标蛋白疑似转录因子，我该怎么办？

首先，转录因子是什么？直接上概念，转录因子(Transcription Factors, TFs)指能够以序列特异性方式结合DNA并且调节转录的蛋白质。对于这个概念需要重点关注的是：

1）转录因子主要功能是来调节基因的转录水平；

2）这种调节是通过结合DNA来实现的；

3）结合的DNA具有序列特异性。

结合以上特性，要验证一个蛋白是否是转录因子，可以结合以下方法进行验证：

•  生物信息学分析：

结构域预测：使用在线工具和数据库（如Pfam, SMART, InterPro）来识别蛋白序列中的DNA结合结构域，如锌指、螺旋-转角-螺旋（helix-turn-helix）、基本区-亮氨酸拉链（bZIP）等。

同源性搜索：通过BLAST、Clustal Omega等工具比对已知转录因子的序列，寻找相似性。

•  功能实验：

进行功能实验来验证该基因的转录因子功能。可以使用基因编辑技术（如CRISPR-Cas9）来敲除该基因，或者过表达该基因，观察基因编辑后细胞或生物体的表型变化，从而推断其功能。

• 亚细胞定位：

通过亚细胞定位实验，确定目标蛋白在细胞内的定位，如细胞核内或胞质中。转录因子通常需要在细胞核内与DNA结合才能发挥作用，因此其定位信息可以为其是否为转录因子提供线索。

• 酵母双杂转录激活验证：

酵母双杂是一种常用于检测蛋白质间相互作用的体外实验方法。对于转录因子的转录激活分析，就是将需要验证的转录因子构建到BD载体上，不需要构建AD载体，如果转录因子具有转录激活活性，那么下游的报告基因就能被激活表达，这样也就验证了转录因子是具有转录激活活性的。

通过综合应用以上方法，可以全面验证一个蛋白是否是转录因子，结合转录组、ChIP-seq、酵母单杂、co-IP等其他技术可以深入了解其在基因调控网络中的作用机制，构建完整的表达调控网络。

案例一：小麦AP2/ERF转录因子鉴定及功能研究

• 题目：Transcriptomic Identification of Wheat AP2/ERF Transcription Factors and Functional Characterization of TaERF-6-3A in Response to Drought and Salinity Stresses

• 期刊：International Journal of Molecular Sciences

• 影响因子：5.6

• 技术路线：

• 文章结果：

Fig1.小麦、水稻和拟南芥AP2/ERF蛋白的系统发育关系以及小麦TaAP2/ERF家族的结构分析

Fig2.五种TaAP2/ERF蛋白的亚细胞定位和转录激活分析

案例二：甘薯IbGLK1转录因子对绿原酸积累的转录调控作用

• 题目：Integrated transcriptomic and CGAs analysis revealed IbGLK1 is a key transcription factor for chlorogenic acid accumulation in sweetpotato (Ipomoea batatas [L.] Lam.) blades

• 期刊：International Journal of Biological Macromolecules

• 影响因子：8.2

• 技术路线：

• 文章结果：

Fig3.IbGLK1基因序列分析及亚细胞定位

案例三：草莓FvMYB108转录因子鉴定及功能研究

• 题目：FvMYB108, a MYB Gene from Fragaria vesca, Positively Regulates Cold and Salt Tolerance of Arabidopsis

• 期刊：International Journal of Molecular Sciences

• 影响因子：5.6

• 技术路线：

• 文章结果：

Fig4.FvMYB108生物信息学分析和亚细胞定位

结语：

本文我们介绍了如何通过生物信息学分析和实验方法来验证一个蛋白是否是转录因子。通过结合多个案例，我们展示了这些方法在实际研究中的应用和效果。总的来说，这些方法为研究转录因子提供了有效的工具，有助于揭示它们在基因表达调控中的作用定位，进而推动相关生物学领域的研究进展。

在实际应用中，武汉爱基百客生物科技有限公司作为表观组学研究的先行者，提供了一系列的产品和服务，旨在帮助科研人员更高效地探究转录因子与其下游靶基因之间的相互作用。公司的主营产品包括ChIP-seq、DAP-seq、CUT&TAG等组学技术能够有效揭示转录因子在基因调控中的作用，为研究者提供了强大的工具来识别转录因子的下游靶基因。除此之外，公司还提供一系列实验服务，如ChIP-qPCR、EMSA、酵母单杂和双荧光素酶报告基因实验等，这些服务旨在验证转录因子与特定靶基因之间的结合和调控关系，从而为转录因子的功能研究提供更为直接和确凿的证据。如有需求，欢迎与我们联系~

• 引用文献：

1. Yu Y, Yu M, Zhang S, et al. Transcriptomic identification of wheat AP2/ERF transcription factors and functional characterization of TaERF-6-3A in response to drought and salinity stresses[J]. International journal of molecular sciences, 2022, 23(6): 3272.

2. Luo Q, Chen P, Zong J, et al. Integrated transcriptomic and CGAs analysis revealed IbGLK1 is a key transcription factor for chlorogenic acid accumulation in sweetpotato (Ipomoea batatas [L.] Lam.) blades[J]. International Journal of Biological Macromolecules, 2024: 131045.

3. Song P, Yang R, Jiao K, et al. FvMYB108, a MYB Gene from Fragaria vesca, Positively Regulates Cold and Salt Tolerance of Arabidopsis[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2024, 25(6): 3405.