VESTA官方手册 | 第十七章：输入和输出文件

第十七章：输入和输出文件

17.1 体数据的文件格式

体数据由三维空间中的规则网格组成。每个栅格点的体积元素“体元”表示栅格点上的值。体元类似于像素，它表示2D图像数据。

通常，有两种类型的格式用于记录文件中的体数据：常规栅格和周期栅格。图17.1示意性地说明了这两种格式的一般概念。

常规栅格是一个均匀的网格，位于分子边界框和晶体单位晶胞内。对于晶体结构，由于数据的周期性，常规栅格中的部分数据是冗余的。例如，（1，1，1）处的数值等于原点处的数值，即（0，0，0）。省略了这些冗余点的网格称为周期栅格。

VESTA自动将网格类型与文件扩展名区分开来。对于周期栅格格式的体数据，VESTA通过添加冗余数据点在内部生成常规栅格。在使用自制脚本或程序准备体数据时，用户必须自己注意文件的栅格类型。

：不可约数据点：冗余点（周期性副本）

图17.1：平面上体数据的两种网格。（A） 常规栅格和（B）周期栅格

17.2 用户设置目录

VESTA在用户设置目录中加载并保存两个文件，VESTA.ini和style/default.ini，分别存储程序和图形的用户设置。在同一目录中还创建了一个用于存储临时文件的目录tmp。设置目录的位置取决于操作系统，并按以下优先级顺序确定。

17.2.1 Windows

· 定义环境变量VESTA_PREF时，将使用指定的目录。

· 当%HOMEPATH%\AppData\Roaming\中存在名为VESTA的目录时，将使用该目录。

（%HOMEPATH%表示用户主目录的完整路径，%HOMEPATH%\AppData\是一个隐藏目录。）

· 当用户有权在VESTA的程序目录中写入时，将使用该目录，以免使主目录混乱。

· 第一次执行VESTA时创建目录%HOMEPATH%\AppData\Roaming\VESTA\，并使用该目录。

17.2.2 macOS

· 定义环境变量VESTA_PREF时，使用指定的目录。要为GUI应用程序定义环境变量，必须在名为environment.plist的文本文件中对其进行描述。该文件位于隐藏目录~/.MacOSX下。为了更容易定义VESTA_PREF，一个名为set_VESTA_PREF.app的应用程序，包含在RIETAN-VENUS软件包中；有关详细信息，请参阅set_VESTA_PREF.app中的Readme_mac.pdf文件。

· 第一次执行VESTA时创建目录~/Library/Application Support/VESTA/，并使用该目录。请注意，~/Library是主目录（~/）下的一个隐藏目录。

17.2.3 Linux

· 定义环境变量VESTA_PREF时，将使用指定的目录。

· 第一次执行VESTA时创建隐藏目录~/.VESTA/，并使用该目录。

17.3 VESTA使用的文件

表17.1：VESTA使用的文件

17.4 输入文件

17.4.1 结构数据

1、VESTA格式（*.vesta）

包含整个结构数据和图形设置的文本文件。VESTA保存的*.vesta文件，可能包含体数据文件的相对路径，以及当*.vesta文件再次打开时，自动读取的晶体数据文件。如果*.vesta中包含IMPORT_STRUCTURE、IMPORT_ORFFE、IMPORT _DENSITY和IMPORT_TEXTURE中的任何一个关键字，且后面是指定数据文件相对路径的行，当*.vesta文件打开时，VESTA也会输入这些数据文件。

使用RIETAN-FP进行Rietveld分析后，如果*.vesta和*.ins在同一个文件夹中，*.vesta中的晶格和结构参数会自动更新。

2、VICS格式（*.vcs）

http://fujioizumi.verse.jp/visualization/VENUS.html

VICS是VESTA结构图部分的前身，现已过时。尽管如此，VESTA仍支持此格式以保持兼容性。

3、American Mineralogist Crystal Structure Database美国矿物学晶体结构数据库（*.amc）

http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php

在部分AMCSD文本文件中，空间群名称附加了额外的字符，并使用了非标准的空间群符号。某些非标准空间群设置可能无法正确读取。在这种情况下，请适当修改空间群符号，然后根据需要在Edit Data对话框的Unit cell选项卡中更改设置编号。有时，如果采用《国际结晶学表》A卷中未描述的非标准设置，则必须自行转换分数坐标。

4、asse（*.asse）

http://www.nims.go.jp/cmsc/staff/arai/asse/

5、Chem3D（*.cc1）

http://openbabel.org/docs/2.3.1/FileFormats/3D_viewer_Formats.html

6、Crystallographic Information File晶体学信息文件（CIF; *.cif）

http://www.iucr.org/resources/cif/

CIF有多种晶体数据格式。可以从上述网站获得有关CIF的详细信息。例如，CIF文件可能包含笛卡尔坐标，但VESTA无法输入它们。请注意，VESTA不支持CIF格式中允许的所有格式。例如，CIF中包含的笛卡尔坐标不能输入到VESTA；CIF中只应给出分数坐标。有关可读格式，请参阅VENUS/examples/VICS/CIF中的示例*.cif文件。

在*.cif包含多相数据的情况下，所有数据都输入到同一个选项卡中，并且相互重叠。要在这种情况下仅可视化一个相，请选择菜单栏中的Edit | Edit Data | Phase...。在列表中选择一个不必要的相，然后按下Delete按钮。

CIF范式提供了多种输入空间群对称性的方法。VESTA按以下顺序搜索条目：

如果*.cif文件中给出了上述条目之一，VESTA识别空间群对称性。例如，SHELX-97通过WinGX创建的CIF既不包含空间群编号，也不包含空间群符号，但具有对称操作列表。

如果以上条目均未正确给出，则空间群被视为P1。在这种情况下，请在打开此类文件后，在Edit Data对话框的Unit cell选项卡中设置空间群，或按以下方式修改CIF中与空间群相关的行：

7、CrystalMaker text file（*.cmt, *.cmtx）

http://www.crystalmaker.comCrystalMaker

是一个用于构建、显示和操作各种晶体和分子结构的商业程序。

8、Crystal Structure Search and Retrieval晶体结构搜索与检索（CSSR; *.cssr）

http://www.maciejharanczyk.info/Zeopp/input.html

在CSSR格式的文件中，可以在“OPT=”后给出设置编号。遗憾的是，没有关于以这种格式设置编号的信息。如有必要，请在Edit Data对话框的Unit cell选项卡中进行更改。

9、Cambridge Structural Database剑桥结构数据库（CSD/FDAT; *.csd, *.fdt）

http://www.ccdc.cam.ac.uk/Solutions/CSDSystem/Pages/CSD.aspx

10、DL_POLY格式（CONFIG, REVCON, *.config）

https://www.scd.stfc.ac.uk/Pages/DL_POLY.aspx

11、FEFF输入文件（feff.inp）

http://www.feffproject.org/

FEFF是原子团簇X射线吸收精细结构（XAFS）和X射线吸收近边结构（XANES）谱从头算多重散射的自动程序。FEFF的输入文件名必须为feff.inp或FEFF.inp。

12、FHI-aims输入文件（*.in）

https://aimsclub.fhi-berlin.mpg.de/

FHI-aims为计算材料科学提供准确的全电子、全电势电子结构代码包。

13、Elk FP-LAPW代码的输出文件（GEOMETRY.OUT）

Elk是一种全电子全电势线性增强平面波（FP-LAPW）代码，用于测定晶体固体的性质。

14、GSAS格式（*.EXP）

http://www.ncnr.nist.gov/xtal/software/gsas.html

15、Inorganic Crystal Structure Database无机晶体结构数据库（ICSD; *.ics）

http://www2.fiz-karlsruhe.de/icsd_home.html

ICSD的两个检索程序，用于MS-DOS的RETRIEVE和用于Windows的FindIt，输出格式完全不同的文本文件。VESTA能够读取两种类型的晶体数据文件。

在这些*.ics文件中，有时会将额外字符附加到空间群名称，例如“P 42/n m c S”，应该是“P 42/n m c”（P42/nmc）。此外，ICSD文本文件中有时会给出完整的Hermann-Mauguin空间群符号。在这种情况下，文本区域和消息框中都会显示错误消息。请仔细阅读以进行下一个操作。遇到此类错误时，强烈建议输出CIF而不是*.ics。

16、ICSD-CRYSTIN:（*.cry）

17、MDL Molfile（*.mol）

http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file

18、Crystallographic Database for Minerals矿物晶体学数据库（MINCRYST; *.min）

http://database.iem.ac.ru/mincryst/

在部分MINCRYST文本文件中，空间群名称附加了额外的字符，并使用了非标准的空间群符号。在这种情况下，文本区域会显示错误消息。应适当修改空间群名称。根据需要在Edit Data对话框的Unit cell选项卡中更改设置编号。

19、MOLDA（*.mld）

http://www3.u-toyama.ac.jp/kihara/cc/mld/readme.html

MOLDA的网站已经关闭，因为其作者Hiroshi Yoshida于2005年去世。这里简要解释*.mld的MODRAST/MOLDA格式。此格式由以下行组成：

（a） 第1行：关于化合物的注释，例如其名称

（b） 第2行：化合物中的原子数na

（c） 第3~（3+na）行：笛卡尔坐标（x、y和z）和原子序号

（d） 第（4+na）行：化合物中的键数nb

（e） 第（5+na）~（5+na+nb）行：原子序号对

例如，如果是乙烯，其中na=6，nb=5，则需要以下行：

20、Protein Data Bank 蛋白质数据库（PDB; *.pdb）

http://www.wwpdb.org/PDB

有多种晶体数据格式。可以在http://www.wwpdb.org/docs.html网页中获取PDB的详细信息。请注意，VESTA不支持这两种格式中允许的所有格式。有关可读格式，请参阅VENUS/examples/VICS/PDB中的*.pdb文件。

21、RIETAN-FP/2000的输入文件（*.ins）

http://fujioizumi.verse.jp/download/download_Eng.html

VESTA无法输入早于RIETAN-2000的RIETAN版本（例如，RIETAN-94）的*.ins文件。如果*.ins中包含多相数据，只输入第一相的晶体数据。

在*.ins中，根据RIETAN-FP中的规范，国际表格的卷名不应为“I”，而应为“A”。例如，“A-230-2”是空间群Fd-3m的第二个设置的输入。输入“I-230-2”会导致错误。晶格参数必须按以下方式在一行内给出：

22、RIETAN-FP的输出文件（*.lst）

http://fujioizumi.verse.jp/download/download_Eng.html

谨防RIETAN-2000输出的*.lst文件的输入。

23、SHELXL的输入文件（*.ins）

24、STRUCTURE TIDY的输出文件（*.sto）

25、USPEX输出的结构数据文件（gatheredPOSCARS, BESTgatheredPOSCARS）

http://han.ess.sunysb.edu/~USPEX/

26、WIEN2k（*.struct）

http://www.wien2k.at/

27、XMol XYZ（*.xyz）

http://en.wikipedia.org/wiki/XYZ_file_formathttp://openbabel.org/docs/2.3.1/FileFormats/XYZ_cartesian_coordinates_format.html

明尼苏达超级计算机中心开发的XMol是一种用于创建和查看分子图像的实用程序。

28、SCAT的F01，和contrd的C04D

http://www.dvxa.org/

如果结构模型与体数据重叠，VESTA除了需要读取f01外，还需要读取contrd的输入文件c04d。为此，需要使用c04d中的边界框（体数据输出到文本文件的区域）尺寸。有关contrd的详细信息，请参阅VENUS软件包中的Readme_contrd.txt。当然，c04d和f01应该放在同一个文件夹中。如果VESTA未输入c04d，原子坐标将在笛卡尔坐标系中处理，就像*.xyz文件的情况一样。在这种情况下，体数据*.scat和*.sca不能与结构模型重叠。

f01中记录的所有原子必须包含在上述边界框内。否则，通过假设周期性，原子坐标将在边界框内标准化，这将导致图形区域中出现不正确的结构。

在执行一系列电子状态计算时，使用Hidemaru Editor的DV-Xα方法辅助环境非常方便。

冈山理工大学Genta Sakane的网站：

http://www.chem.ous.ac.jp/~gsakane/

对于想要将contrd计算的物理量可视化的研究者来说非常有用。详细的日语文档《DV-Xα方法辅助环境简介》，适合初学者使用DV-Xα法和VESTA。

29、MXDORTO/MXDTRICL（FILE06.DAT, FILE07.DAT）

http://kats-labo.jimdo.com/mxdorto-mxdtricl/

MXDORTO和MXDTRICL是分子动力学模拟的Fortran程序。

30、XTL格式（*.xtl）

Cerius2（Accelrys，Inc.）中使用的文本文件。GULP和GSAS能够以这种格式输出晶体数据。

17.4.2 体数据

31、二进制格式的MEM密度（*.pri, *.prim）

http://fujioizumi.verse.jp/visualization/VENUS.html

http://jp-minerals.org/dysnomia/en/

PRIMA或Dysnomia输出的3D电子和核密度二进制文件以及ALBA输出的Patterson函数二进制文件。这些文件中记录的电子密度（严格来说，电子数密度）单位是Å-3，核密度单位为fm Å-3。

32、文本格式的MEM密度（*.den）

PRIMA、Dysnomia、MEED、MEND和ENIGMA输出的3D电子和核密度文本文件。这些文件中记录的电子密度单位是Å-3，核密度单位为fm Å-3。

33、Energy Band能带（*.eb）

与*.rho格式几乎相同的文本文件。文件*.eb用于根据能带结构计算程序（如WIEN2k）获得的结果可视化费米面。为了方便起见，在*.eb中的所有能量本征值上加上一个常数，使它们大于或等于零。因此，在设置等值面数值时必须考虑到这种修改。

NIMS的Masao Arai在他的网站上提供了有关*.eb的详细信息：

http://www.nims.go.jp/cmsc/staff/arai/

34、通用体数据（文本文件格式）（*.?ed）

具有通用体数据格式的文件存储根据Tsirelson提出的程序从电子密度转换而来的以下物理量之一（见14.15节）：

∇2ρ(r)：电子密度的拉普拉斯算符（*.led）。

g(r)：电子动能密度（*.ked）。

ν(r)：电子势能密度（*.ped）。

he(r)：电子能量密度（*.ted）。

格式（扩展名为?ed的所有文件通用）：

标题：标题最多80个字符。

a、 b、c、α、β、γ：晶格参数，两个参数之间至少有一个空格（自由格式）。

N1+1、N2+1、N3+1：分别沿a、b和c轴的体元数量，两个整数之间至少有一个空格（自由格式）。

接下来为三维数组元素D：

每行中有任意数量的数据，两个真实数据之间至少有一个空格（自由格式）。请注意，N1+1、N2+1和N3+1的体元分别位于x=1、y=1和z=1。一个示例*.ted文件的初始几行如下所示：

VESTA输入的*.grd文件，应在傅里叶计算设置中选择选项““C – Select section (X, Y, or Z) selection”，然后输入“X”以显示提示“Enter section desired (X,Y,Z - choose Z for DSN6 maps”。

文件格式基本上与通用体数据格式相同，但三维数据数组D的输出范围如下：

VESTA同样允许以这种格式导出体数据。

36、通用体数据格式（二进制格式）（*.ggrid）

37、周期体数据（二进制格式）（*.pgrid）

38、压缩体数据格式（*.m3d）

39、SCAT体数据格式（*.sca, *.scat）

http://www.dvxa.org/

利用contrd从F09和F39文件计算的电子密度、静电势和波函数，通过SCAT输出。使用名为contrd.bat的批处理文件创建的文本文件（CHG3D.SCA、POT3D.SCA、WXXX-3D.SCA、WXXXU-3D.SCA和WXXXU-3D.SCA），可以直接由VESTA输入，其中XXX表示分配给波函数的整数。如要了解*.SCA文件的详细信息，请参阅软件包中的Readme_contrd.txt文件。记录于*.SCA或*.SCAT的三维数值数据在绘制时不用进行任何转换。

电子密度、静电势和波函数的单位分别是bohr-3, Ry (rydberg)和bohr-3/2，其中bohr是长度的原子单位，即1 bohr=a0=5.29177211×10-11 m=0.529177211 Å（a0：玻尔半径），1 Ry=Eh/2=2.179 871 9×10-18 J（Eh：hartree）。

DV-Xα方法的辅助环境及其用日语编写的详细文件见17.4.1节第23条。

40、WIEN2k（*.rho）

http://www.wien2k.at/ (WIEN2k)

http://www.nims.go.jp/cmsc/staff/arai/wien/venus.html (wien2venus.py)

NIMS的Masao Arai用Python编写的脚本wien2venus.py，可以将用WIEN2k计算的电子密度导出到文本文件*.rho中，之后使用VESTA将其可视化。这个文件中存储的电子密度单位是bohr-3。

41、WinGX 3D傅里叶映射（*.fou）

http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/wingx/

WinGX输出的3D Fourier Maps文本文件。如要创建可以用VESTA输入的*.fou文件，从菜单栏中的Maps | FOURIER MAP | Slant plane，打开WinGX的“FOURIER MAP Control Panel”。选择“33D Fouier (Beevers-Lipson)”和“Write MarchingCubes File”选项，并在Z轴设置“Projection”。对于所有X、Y和Z轴，“Summation limits”的最小值和最大值应设置为0和1。考虑到以下问题，应仔细设置每个轴的分辨率。

在这种格式中，沿每个轴的数据点不是均匀分布的，而是以给定分辨率的间隔放置的。当轴的长度为L且分辨率设置为d时，数据点的数量NPIX设置为L/d+1的整数部分。仅当L/d接近整数时，输出文件具有近似正确周期的通用网格格式。建议特殊位置正好位于数据网格上。例如，如果镜像平面位于x=1/4和x=3/4，则L/d应为4的倍数。

42、X-PLOR/CNX（*.xplor）

http://en.wikipedia.org/wiki/X-PLOR (CNX)

http://superflip.fzu.cz/ (Superflip)

Superflip是用电荷翻转法从头算求解晶体结构的计算机程序。Superflip使用X-PLOR格式在文件*.x-plor中输出单位晶胞中的电子密度，可由VESTA直接显示。

17.4.3 结构和体数据

43、CASTEP（*.cell, *.charg_frm）

http://www.castep.org/

文件*.cell包含晶体结构数据，而文件*.charg_frm以Å-3为单位存储电子密度。当*.cell在VESTA中打开时，仅显示结构模型。另一方面，打开*.charg_frm时，显示结构模型和电子密度分布。因为单位晶胞尺寸未记录在*.charg_frm文件中，必须同时打开*.cell。

44、GAMESS输入文件和MacMolPlt输出的体数据文件

http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html (GAMESS)

https://brettbode.github.io/wxmacmolplt/ (MacMolPlt)

GAMESS输入文件*.inp，可以很容易地使用MacMolPlt从GAMESS日志文件*.log中获得。首先，使用文本编辑器检查该文件中收敛后的最终笛卡尔原子坐标单位。然后，运行MacMolPlt打开*.log。在Windows菜单中，通过*.log名称选择“Coordinates”，并检查笛卡尔坐标的单位是Å还是bohr (au)。与VESTA一样，单位应为Å。如果单位为bohr，请选择菜单栏中的Molecule | Convert to Angstroms。然后，在Windows菜单中，通过*.log名称选择“Input Builder”，并单击Write File按钮，创建*.inp存储原子符号和笛卡尔坐标。接下来是体数据文件*.mmp，必须输出其中记录的3D网格原点。在Windows菜单中，通过*.log名称选择“Surfaces”。从“3D Orbital”、“3D Total Electron Density”和“3D Molecular Electrostatic Potential”中指定项目。在随后出现的对话框中，适当更改网格点的数量和网格大小，选择一个轨道（在“3D Orbital”的情况下），然后单击Update按钮。等值面和球棍模型将出现在*.log窗口中。单击Parameters...按钮，可显示网格点的数量、原点和网格增量。然后，单击Export...按钮。指定与*.inp同名的*.mmp文件的名称和位置。请注意*.inp和*.mmp必须在同一文件夹中。

45、Gaussian Cube格式（*.cube, *.cub）

http://www.gaussian.com/

存储使用Gaussian计算的电子密度、自旋密度、静电势、波函数等的文本文件，关键字为“Cube”。Cube文件也可以由Firefly（以前称为PC GAMESS）创建。

46、VASP（*.vasp, CHG, CHGCAR, PARCHG, LOCPOT, ELFCAR, POSCAR, CONTCAR）

http://www.vasp.at/

http://www.materialsdesign.com/medea（商业软件MedeA，包含VASP为其组件）

以上文件均为存储VASP输出的晶体结构和体数据的文本文件。

CHG存储晶格矢量、原子坐标和总电荷密度乘以单位晶胞体积V。PAW单个中心占据率添加到CHGCAR中。虽然CHG和CHGCAR提供了相同的价电子信息，但由于数值数据的精度较低，CHG的文件大小小于CHGCAR。PARCHG具有与CHG相同的格式，存储特定k点和/或带的部分电荷密度。当读取这些文件以可视化等值面和切面时，数据值除以V（单位为bohr3）。因此，VESTA输入的电荷密度单位为bohr-3。LOCPOT包含晶格矢量、原子坐标和库仑势（单位：eV），即无交换相关分量的总电势（除非LEXCHG=-1行在main中被注释掉）。ELFCAR的格式与CHG相同，它存储无量纲电子局域化函数（ELF）。POSCAR和CONTCAR包括晶格矢量、原子坐标，以及用于分子动力学计算的可选初始速度和预测-校正坐标。POSCAR和CONTCAR分别对应于计算任务结束时VASP输出的初始结构和最终结构；CONTCAR可用于计算任务续算。由于这些文件中没有元素符号或原子序数，它们必须与另一个文件OUTCAR一起显示结构模型。OUTCAR可以重命名为*.out，与*.vasp具有相同的名称。只有OUTCAR顶部“POTCAR:”后面的行才能读取元素符号。

读取文件进行表面着色时，除非文件名为CHGCAR或PARCHG，否则不会缩放数据值。

47、XCrySDen XSF格式（*.xsf）

http://www.xcrysden.org/ (XCrySDen)

http://www.abinit.org/ (ABINIT)

http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.4/users/cut3d_help.html (Cut3D)

http://www.quantum-espresso.org/ (Quantum ESPRESSO)

用于材料性质从头算的ABINIT软件包具有输出存储电子密度、静电势和波函数的二进制文件的功能。它们可以使用名为Cut3D的转换器，转换具有XCrySDen的XSF格式的文本文件*.xsf。电子密度的单位是bohr-3。Cut3D支持数据类型13（XCrySDen/VENUS波函数实数数据），因此可以直接在*.xsf中输出波函数。用于材料量子力学模拟的Quantum ESPRESSO还具有输出XSF格式文件的功能。有关XSF格式的详细信息，请访问http://www.xcrysden.org/doc/XSF.html

一般来说，*.xsf由一些以关键字开头的部分组成。VESTA从BEGIN_BLOCK_DATAGRID部分读取体数据。为了使等值面与结构模型重叠成为可能，*.xsf还应包含（1）PRIMEVEC和PRIMCOORD部分或（2）CONVVEC和CONVCOORD部分。此外，PRIMVEC或CONVVEC部分中的晶格矢量必须与BEGIN_DATAGRID部分中的生成矢量一致。在XSF格式中，基本晶格矢量（PRIMVEC）和笛卡尔坐标的单位是Å。

17.5 输出文件

17.5.1 数据文件

结构数据

1、VESTA原始格式（*.vesta）

当前显示的数据的全部信息保存在VESTA格式的文本文件*.vesta中。VESTA格式的文件包含所有结构数据和图形设置，而体数据不直接记录在*.vesta中，而从外部文件导入。存储体数据的文件的目录和名称记录在*.vesta中，作为从*.vesta的目录到体数据文件的相对路径。它可以将当前数据的全部信息保存在一个小文件中，而无需复制庞大的体数据。

可以选择以相同的方式从外部文件导入结构数据。防止结构数据直接记录在*.vesta中，使用带有Link选项的Import Data对话框导入结构数据（见6.3.6节）。文件名*。ORFFE输出的*.ffe文件的名称也记录在*.vesta中，因此在重新打开*.vesta文件后，*.ffe中记录的几何参数将自动列在Geometrical Parameters对话框中（见14.2节）。使用RIETAN-FP进行Rietveld分析后，如果*.vesta文件和标准输入文件*.ins在同意文件夹中，*.vesta中的晶格和结构参数会自动更新。

2、Chem3D（*.cc1）

http://openbabel.org/docs/2.3.1/FileFormats/3D_viewer_Formats.html

3、Crystallographic Information File晶体学信息文件（CIF; *.cif）

http://www.iucr.org/resources/cif/

4、DL_POLY输入文件（*.config）

https://www.scd.stfc.ac.uk/Pages/DL_POLY.aspx

5、Protein Data Bank蛋白质数据库（PDB; *.pdb）

http://www.wwpdb.org/

6、RIETAN-FP/2000的用户输入文件（*.ins）

http://fujioizumi.verse.jp/download/download_Eng.html

输出*.ins的功能，使得能够使用VESTA读取各种格式的晶体数据文件，模拟粉末衍射图谱，并使用RIETAN-FP进行后续的Rietveld精修。请注意，RIETAN-2000和RIETAN-FP的标准输入文件彼此不兼容。VESTA使用模板文件导出RIETAN-FP/2000的输入文件，默认模板文件template.ins，具有RIETAN-FP格式。如果需要RIETAN-2000格式的标准输入文件，请在Preferences对话框中将模板文件更改为RIETAN2000格式的文件（请参见第16章）。

在Rietveld精修或使用RIETAN-FP模拟粉末衍射图谱时，应选择嵌入RIETAN-FP的STRUCTURE TIDY的以下标准晶格设置：

· 单斜晶系：b轴单独设置（β≠90°），

· 三方晶系：六边形晶格（a=b≠c，γ= 120°），

· 中心对称空间群：反演心位于原点处（原点选择2）。

除非采用这三种标准设置，被纳入RIETAN-FP中的LAZY PULVERIX无法生成正确的衍射指数hkl及其多重性。因此，VESTA在导出RIETAN-FP/2000格式的*.ins时，会自动将晶体结构的晶格设置转换为标准晶格设置。

需要指出的是，数据库中记录的部分晶体数据中的分数坐标的有效位数太小，例如0.3333而不是0.333333。在这种情况下，请在输出*.ins之前将有效位数增加到6或7。

7、VASP（POSCAR, *.vasp）

http://www.vasp.at/

8、VRML（*.wrl）

http://www.web3d.org/x3d/specifications/vrml/

9、XMol XYZ（*.xyz）

http://en.wikipedia.org/wiki/XYZ_file_format

http://openbabel.org/docs/2.3.1/FileFormats/XYZ_cartesian_coordinates_format.html

10、P1结构（*.p1）

存储晶格参数和单位晶胞中所有原子的原子位置的简单文本文件。原子位置用分数坐标表示，晶体的空间群被转换成P1（三斜晶系，第1号）。在计算模拟中建立初始原子构型时，此格式非常有用。

11、分数坐标（*.xtl）

xtl文件格式的简单文本文件，存储当前图形区域中显示的所有原子的原子位置。原子位置用分数坐标表示。为了方便起见，晶体的空间群被视为P1（三斜晶系，第1号）。

12、MADEL输入文件（*.pme）

虽然VESTA可以执行MADEL（见14.5节），但MADEL的输入文件*.pme，应手动编辑，以计算间隙（空位）位置的静电位势，其分数坐标必须输入*.pme尾部的FORMAT（3F9.6）。强烈建议使用RIETAN-FP系统分发文件中包含的RIETAN-FP–VENUS集成辅助环境，编辑*.pme并运行MADEL将其输入Hidemaru Editor。有关上述辅助环境的详细信息，请阅读分发文件中的Readme_macros.txt。

使用此格式导出文件时，系统会提示输入两个参数，RADIUS和REGION（请参见14.5节）。有关要输入*.pme的这些参数的详细信息，请参阅MADEL的用户手册。13、STRUCTURE TIDY输入文件（*.sto）

体数据

14、PRIMA二进制格式（*.pri）

15、通用体数据格式（*.3ed）

16、周期性体数据格式（*.grd）

17、通用体数据格式（二进制）（*.ggrid）

导出体数据时，最推荐使用通用体数据格式。它是无损的，但是这种格式的文件大小比文本格式甚至其他一些二进制格式的文件小得多。对于周期性体数据，由于更好的压缩效率，下面描述的*.pgrid是首选的。

18、周期性体数据格式（二进制）（*.pgrid）

此文件格式与*.ggrid格式相似，但假设网格具有周期性以最小化数据冗余。当有两个以上的对称操作（由空间群信息集生成或由用户直接编辑）时，只有非对称单元中的网格数据记录在*.pgrid中。

19、压缩体数据格式（*.m3d）

二维数据

假设已打开2D Data Display窗口，在Create New Slice对话框中选择选项“（hkl）plane defined by two vectors”或“project along [hkl] axis”（参见15.5节）。然后，就可以通过从File菜单中选择2D Data Display项，输出2D Data Display窗口中显示的二维数据。请注意，当选择第一个选项“(hkl) plane in the bounding box”时，此功能将被禁用。

例如，金红石型TiO2中距离原点0.5d的（100）晶面上的电子密度输出如下：第六行中的两个整数（65和65）是沿x轴和y轴的分隔数。每个数据行中的三个数据分别是X、Y和密度，其中X和Y分别是从二维图的原点算起的X和Y坐标（单位：Å）。

17.5.2 光栅图像

1、BMP

2、EPS

3、JPEG

4、JPEG 2000

5、PNG

6、PPM

7、RAW

8、RGB（SGI）

9、TGA

10、TIFF

图形区域和2D Data Display窗口中显示的结构和体数据的图像可以记录在具有各种图形格式的文件中。保存存储位图图像的文件时，在File菜单中选择Export Raster Image...。导出的图形文件的图像大小将放大为图形区域大小的倍数。在文件选择对话框中输入文件名后，将输入比例因子。VESTA可以导出超出窗口最大宽度和高度的巨大图像，这些图像在启动VESTA后显示在文本区域，例如：

对象的分辨率，即原子和键的叠层和切片数，也由Preferences对话框中设置的两个因子Scale和Increasing factor for stacks/slices进行缩放（请参见12.1.2、12.1.3节和第16章）。

17.5.3 矢量图像

1、封装式PostScript（EPS）

2、便携式文档格式（PDF）

3、PostScript（PS）

4、可缩放矢量图形（SVG）

图形区域和主窗口中显示的结构和体数据的图像可以保存为矢量图像。当保存存储矢量图像的文件时，在File菜单中选择Export Vector Image...。导出矢量图像有一些限制。根据体数据着色的等值面和切面的颜色不能用矢量图像格式表示。多面体、晶面和等值面的半透明多边形在除PDF以外的所有格式中都变得不透明。

17.5.4 输出文本

通过在File菜单中选择Save Output Text...，可以将文本区的内容保存为文本文件。